La storia del club iniziò il 12 maggio 1927, con la fondazione del Clube Desportivo Santa Clara, mentre il 20 novembre del medesimo anno la squadra giocò la sua prima partita, contro l'União Micaelense. Le origini del sodalizio risalgono, in realtà, al 1921, quando si formò a Ponta Delgada un'entità sportiva affiliata al Benfica. Nel 1935, dopo aver militato per alcuni anni nei campionati dell'arcipelago delle Azzorre, la compagine di Ponta Delgada diviene il primo club delle Azzorre a recarsi nel Portogallo continentale per disputare una serie di partite amichevoli.
Nel 1979 iniziò a militare nelle divisioni inferiori del campionato nazionale portoghese. Alla fine della stagione 1985-1986 ottenne la promozione in seconda serie, dove rimase per un solo anno. Negli anni '90 la squadra si diede un'organizzazione sportiva professionistica e lanciò una serie di giocatori, tra cui Pauleta.
Al termine della stagione 1998-1999, grazie al terzo posto in Segunda Liga, la squadra ottenne per la prima volta la promozione in Primeira Liga, la massima divisione nazionale, sotto la guida del tecnico Manuel Fernandes e del capitano Paulo Figueiredo, nazionale angolano. Primo club delle Azzorre a raggiungere la massima serie calcistica del Portogallo, il Santa Clara vi rimase per tre anni.
Nel 2018 ottiene la promozione dalla Segunda Liga alla Primeira Liga dopo 16 anni di assenza. A seguito del sesto posto conquistato al termine della Primeira Liga 2020-2021, si è garantita la partecipazione ai preliminari della prima edizione della UEFA Conference League.
Aggiornata al 28 marzo 2024.
Aggiornata al 19 febbraio 2023.
Aggiornata al 28 dicembre 2021.
Aggiornata all'11 marzo 2021.
Aggiornata al 25 settembre 2019.
Statistiche e record
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Statistiche nelle competizioni UEFA
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Tabella aggiornata alla fine della stagione 2018-2019.
Collegamenti esterni
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Rosso, bianco
Portogallo
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