Human Proteome Folding
Il progetto Human Proteome Folding (HPF) è frutto della collaborazione tra l'Università di New York (Bonneau Lab), l'Institute for Systems Biology (ISB) e l'Università di Washington (Baker Lab), utilizzando il software Rosetta sviluppato da Rosetta Commons. Il progetto HPF è attualmente alla fase 2, che lavora esclusivamente sul progetto di calcolo distribuito World Community Grid. La fase 1 ha lavorato su due reti di calcolo distribuito: World Community Grid, un'iniziativa filantropica dell'IBM, e la United Devices' grid.org. L'Institute for Systems Biology ha progettato lo Human Proteome Folding per il World Community Grid e userà i risultati nel suo più ampio impegno di ricerca.
Stato del progetto modifica
La fase 1 di HPF ha applicato il software Rosetta v4.2x sul genoma umano e 89 altri, a partire dal novembre 2004. La fase 1 si è conclusa nel luglio 2006. La fase 2 (HPF2) applica il software Rosetta v4.8x ad una maggior risoluzione, in modalità "full atom refinement", concentrandosi sui biomarcatori tumorali (proteine che si trovano a livelli drammaticamente aumentato nei tessuti tumorali), le proteine secrete umane e la malaria. Parallelamente, l'obiettivo della fase 2 è anche quello di migliorare ulteriormente il Software Rosetta, principalmente sviluppato su Rosetta@home.
Pubblicazioni modifica
Lars Malmström, Michael Riffle, Charlie E. M. Strauss, Dylan Chivian, Trisha N. Davis e David Baker, Superfamily Assignments for the Yeast Proteome through Integration of Structure Prediction with the Gene Ontology, in PLoS Biology, vol. 5, n. 4, 2007, pp. e76, DOI:10.1371/journal.pbio.0050076.
Voci correlate modifica
Altri progetti modifica
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Collegamenti esterni modifica
- Human Proteome Folding at ISB, su systemsbiology.org. URL consultato il 2 maggio 2010 (archiviato dall'url originale il 7 luglio 2010).
- HPF page at WCG, su worldcommunitygrid.org.
- HPF page at grid.org, su grid.org. URL consultato il 2 maggio 2010 (archiviato dall'url originale il 27 settembre 2007).
- HPF updates by Dr. Bonneau, su homepages.nyu.edu. URL consultato il 2 maggio 2010 (archiviato dall'url originale il 15 giugno 2010).
