La Pallanuoto Trieste nasce nel 2003 dalla fusione delle sezioni pallanuoto delle società US Triestina Nuoto (campione d'Italia nel 1929) e AS Edera Trieste, grazie all'iniziativa di alcuni dirigenti delle due società, con l'obiettivo di creare un'unica realtà in grado di riportare una pallanuoto di livello a Trieste.
Nel 2004 la squadra, guidata da coach Franco Pino, centra la promozione in serie C. L'anno successivo la squadra viene affidata all'ungherese János Varga che tuttavia non riesce a centrare la promozione in serie B.
Sezione maschile
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Nel 2006 la prima squadra maschile, affidata a Ugo Marinelli, centra la promozione in Serie B (la terza serie nazionale) e dopo due sole stagioni ottiene la promozione in Serie A2, grazie al 2º posto in campionato. Erano 16 anni che una squadra triestina non partecipava a livelli così alti nella pallanuoto nazionale. Le prime due stagioni in A2 si rivelano difficili ma in entrambe le occasioni la squadra centra la salvezza. A partire dalla stagione 2010-11, tuttavia, la Pallanuoto Trieste inizia ad affermarsi nelle zone alte della classifica del secondo campionato nazionale, perdendo solo dal Catania nella semifinale playoff, contro la squadra che avrebbe poi vinto gli spareggi, salendo in A1. Trieste si ripete nel 2011-12, perdendo ancora in semifinale dalla Lazio, poi promossa in A1. Gli alabardati riescono a sconfiggere i capitolini in gara-1 in casa, per poi perdere le due partite in terra romana.
Dopo altre due stagioni di alto livello in A2, dove però la squadra di ferma sempre alle semifinali play-off, finalmente Trieste, alla fine della stagione 2014-2015, guidata da coach Stefano Piccardo, riesce ad ottenere la sua prima storica promozione in Serie A1, concludendo il girone Nord al primo posto con 21 vittorie su 22 incontri, e vincendo semifinale e finale play-off rispettivamente contro Catania e Ortigia.
Sezione femminile
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In ambito femminile la squadra ha vissuto il suo picco negli anni compresi dal 2008 al 2012. Nel 2008 le orche, come venivano soprannominate, vincono il campionato di Serie B, venendo promosse in Serie A2. In qualità di matricole, le pallanuotiste alabardate ottengono un ottimo 4º posto nel campionato di A2 2008-09, sfiorando i playoff promozione. Per altre due stagioni la squadra sfiora gli spareggi, finché nel 2012 ottiene l'obiettivo, concludendo al 2º posto in classifica, venendo tuttavia eliminata da Prato. Alla fine del campionato la squadra viene sciolta per carenze nel vivaio.[1]
Nella stagione 2013-2014 la squadra chiamata "Le Orchette" viene iscritta al campionato di Serie B. Nel 2014-2015 la formazione guidata da Ilaria Colautti, formata per lo più da ragazze della categoria U17, sfiora la promozione in serie A2 venendo fermata ai play-off dopo aver vinto il girone Triveneto.
Durante la stagione 2015-2016 "Le Orchette" riescono ad accedere alla fase dei play-off, tra sabato 18 e domenica 19 giugno 2016, nella piscina del Centro Federale di Avezzano. La Pallanuoto Trieste, inserita nel gruppo A con An Brescia, Firenze Pallanuoto e Pallanuoto Tolentino. L’avventura di Avezzano era iniziata con la fondamentale vittoria sull’An Brescia. Un 9-5 maturato dopo un avvio un po’ difficile causa emozione, ma cancellato dal parziale di 4-0 del secondo periodo. Nella seconda partita, quella con il forte Firenze, le “orchette” hanno tenuto botta al cospetto di una squadra dal notevole spessore tecnico. Sotto per 3-0 dopo il primo periodo, le ragazze si sono prodotte in una rimonta, culminata col gol del 7-7 a 1’29’’ dalla fine. Poi la (mezza) beffa, con Firenze che ha siglato la rete del definitivo 8-7 ad una manciata di secondi. L’ultima delle tre sfide, quella con il Tolentino, è stata la meno complessa. “Orchette” subito avanti per 4-0, poi è ordinaria amministrazione, pure con ampie rotazioni nel finale. È servita un’ulteriore dose di pazienza per festeggiare la promozione, sancita dal 4-4 della partita tra Firenze Pallanuoto e An Brescia.
Ad agosto 2015 le ragazze della formazione U15, allenate sempre da Ilaria Colautti, conquistano uno storico terzo posto di categoria giungendo alle spalle di formazioni blasonate quali Orizzonte Catania e Plebiscito Padova.
Bianco-Blu
Italia
Campionato italiano femminile U-15: 1