Zero fu creato da uno scienziato con lo scopo di conquistare il mondo, ovvero, il Dr. Albert Wily (antagonista della prima serie di Mega Man, nonché l'acerrimo nemico del protagonista e il suo creatore Thomas Light), con lo scopo di conquistare il mondo. Nonostante Wily non ebbeabbia mai avuto l'occasione di poter controllare Zero, egli considerava che l'androide sarebbe la sua miglior creazione mai esistita dal momento che aveva inoculato a Zero un virus molto potente, solo che per poter fare in modo che Zero tenesse a bada tale potere, era necessario sigillarlo dentro una capsula per molti anni.
Una volta che Zero si svegliosvegliò dopo tanto tempo, egli incontrollato distrusse dei Reploidi e inconsapevolmente aveva una missione da compiere, ovvero distruggere tutto quel che riguardava il Dr. Thomas Light e le sue creazioni, per poi poter essere il sovrano di tutte le macchine come ricordo del marchio di Wily. Sigma, il primo reploide creato durante il secolo in cui Zero si svegliosvegliò, viene inviato a fermare Zero e, in inseguitoseguito ad un violento e cruento scontro, Sigma ha la meglio venendo però contaminato dal virus che Zero portava all'interno del suo corpo.
Sigma ordinoordinò alle sue unità di prendere Zero e di portarlo al Dr. Cain, colui che grazie alla scoperta di Mega Man X, ha creato i reploidi. Cain riuscì a fare in modo che Zero prendesse coscienza delle sue azioni e nel giro di pochi giorni Zero imparando a controllare le sue capacità diventa un cacciatore di maverick eccezionale (Maverick sono considerati i reploidi che diventano ribelli e incontrollabili senza ormai nessuna cura), nonché il miglior amico di X, colui che avrebbe dovuto eliminare. Per il resto Zero non poteva ricordare niente di quello che aveva fatto, almeno non per il momento.
