Con la [[Mediatizzazionemediatizzazione]], Bamberga perse la sua indipendenza nel 1803, entrando a far parte del [[Regno di Baviera]]. Con il [[Trattato di Lunéville]] del 1801, numerose [[Libera città imperiale|Cittàcittà]] e [[Abbazia Imperiale|Abbazieabbazie]] imperiali erano state assegnate ai principi elettori laici, come compensazione per la perdita del [[Palatinato]] a favore della [[Francia]]. Bamberga e il suo vescovado furono assegnati al [[Regno di Baviera]]. Ancor prima della firma definitiva del [[Reichsdeputationshauptschluss]] nel 1803, la Baviera aveva occupato militarmente il territorio della diocesi già il 2 settembre 1802 e il 29 novembre viene dichiarato provincia bavarese. Il Principe vescovo [[Christoph Franz von Buseck]], rassegnando le dimissioni, siglò la fine dell'indipendenza di Bamberga.
Bamberga fu collegata al sistema ferroviario tedesco nel 1844. Durante la rivoluzione del marzo 1848, Bamberga fu una roccaforte dei democratici, tanto che vi vennero stilati i cosiddetti ''14 articoli di Bamberga'', una carta dei diritti fondamentali. I più noti esponenti erano gli avvocati Nikolaus Titus e Ignaz Prell, il medico Heinrich Heinkelmann e il giornalista Carl Heger.
Il 25 e 26 mbaggiomaggio 1854, otto Stati tedeschi centrali ([[Regno di Baviera]], [[Regno di Sassonia]], [[Regno di Hannover]], [[Regno di Württemberg]], [[Granducato di Baden]], [[Assia-Kassel]], [[Assia-Darmstadt]] e [[Nassau (stato)|Nassau]]) si incontrarono in città durante la cosiddetta ''Conferenza di Bamberga'' per discutere circa la loro posizione rispetto alle due grandi potenze orientali: l'[[Impero d'Austria]] e il [[Regno di Prussia]].
