Il club è il frutto della fusione avvenuta nel 2009 tra lo Sport Club Alassio 1921 e il Baia del Sole che, dopo un anno disputato a Cisano, ha iniziato a giocare ad Alassio.
Il club nasce nel 1921 col nome di Sport Club Alassio e, dopo essersi affiliata alla FIGC, nel corso degli anni trenta conosce il momento di massimo splendore quando arriva a disputare il campionato di Prima Divisione 1933-1934 e il successivo, antesignani della Serie C.
Dopo alterne vicende, nel periodo prebellico interrompe l'attività federale, per ricomparire dopo il conflitto centrando subito la promozione in Serie C. In questa serie milita per due stagioni per retrocedere poi in Promozione, allora massima competizione dilettantistica.
Nel 1952 la serie viene declassata a livello regionale e la compagine giallo-nera ne segue le sorti, salvo tornare a disputare un campionato di livello nazionale nel 1962 con la promozione in Serie D, dove rimane per otto stagioni.
Segue un periodo abbastanza altalenante con il club che non riesce più ad abbandonare i tornei di carattere regionale. A seguito di una grande crisi, nel 1987 si fonde con il Bastia Villanova, dando vita allo Sport Club Alassio-Bastia, per poi tornare alla classica denominazione la stagione successiva.
Riguadagnata così la Promozione, la serie viene mantenuta per cinque stagioni al termine delle quali avviene una nuova retrocessione in Prima Categoria che porta alla seconda fusione, questa volta con i "rivali" cittadini dell'Auxilium, dando vita all'Associazione Sportiva Auxilium-Alassio.
Il club ha alterne vicende fino al 2007 quando la retrocessione in Seconda Categoria porta alla rifondazione del club, con la denominazione che riporta al nome originale del club, ovvero Alassio Sport Club 1921. Riguadagnata la Prima Categoria, il club si fonde con il Baia del Sole, e dopo un anno vissuto "in trasferta" a Cisano, torna a difendere i colori di Alassio.
Nella stagione 2013-2014 la squadra viene affidata ad un mister proveniente dal settore giovanile, Alessandro Mottola, ex giocatore di Imperia e Sanremese[1] il quale si propone di affrontare un campionato in piena sinergia con il settore giovanile. Nel corso della stagione esordiranno da titolari anche giocatori nati nel 1998, dell'età di 15 anni[2].
Alla conclusione della stagione calcistica 2016-2017 è retrocessa in Seconda Categoria. È ripescata in Prima Categoria per il 2018-2019 e in Promozione per il 2021-2022.
1929-1930 - 1º nel girone B di Terza Divisione ligure, 1º nel girone finale ligure, 3º nel girone finale A Nord. Ammesso alla declassata Seconda Divisione
1959-1960 - 3º nel girone A di Prima Categoria ligure.
1960-1961 - 2º nel girone A di Prima Categoria ligure.
1961-1962 - 1º nel girone A di Prima Categoria ligure, perde finale promozione contro la Lavagnese. Promosso in Serie D a completamento degli organici.
1990-1991 - 14º nel girone A di Promozione ligure. La Promozione viene declassata.
1991-1992 - 15º nel girone A di Promozione ligure. Retrocesso in Prima Categoria.
1992 - Fusione con l'Auxilium e nascita dell'A.S. Auxilium-Alassio, ammessa in Prima Categoria.
1992-1993 - 3º nel girone A di Prima Categoria ligure. Promosso in Promozione a completamento degli organici.
1993-1994 - 11º nel girone A di Promozione ligure.
1994-1995 - 15º nel girone A di Promozione ligure. Retrocesso in Prima Categoria.
1995-1996 - 14º nel girone A di Prima Categoria ligure. Retrocesso in Seconda Categoria.
1996-1997 - 4º nel girone A di Seconda Categoria ligure.
1997-1998 - 3º nel girone A di Seconda Categoria ligure. Promosso in Prima Categoria a completamento degli organici.
1998-1999 - 5º nel girone A di Prima Categoria ligure.
1999-2000 - 1º nel girone A di Prima Categoria ligure. Promosso in Promozione.
2000-2001 - 15º nel girone A di Promozione ligure. Retrocesso in Prima Categoria.
2001-2002 - ?º nel girone ? di Prima Categoria ligure.
2002-2003 - ?º nel girone ? di Prima Categoria ligure. Promosso in Promozione.
2003-2004 - 9º nel girone A di Promozione ligure.
2004-2005 - 14º nel girone A di Promozione ligure, perde spareggio salvezza contro l'Albenga. Retrocesso in Prima Categoria. Cambia denominazione in A.S.B. Alassio Auxilium San Bernardino.
2005-2006 - ?º nel girone ? di Prima Categoria ligure.
2006-2007 - ?º nel girone ? di Prima Categoria ligure. Retrocesso in Seconda Categoria. La società si scioglie
2007 - Nasce l'Alassio Sport Club 1921, ammesso in Seconda Categoria.
2007-2008 - ?º nel girone ? di Seconda Categoria ligure. Promosso in Prima Categoria.
2008-2009 - 13º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2009 - Fusione con il Baia del Sole e nascita dell'A.S.D. Baia Alassio Cisano con trasferimento a Cisano.
2009-2010 - 13º nel girone A di Prima Categoria ligure. La società si trasferisce ad Alassio.
2010-2011 - 5º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2011-2012 - 10º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2012-2013 - 10º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2013-2014 - 10º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2014-2015 - 13º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2015-2016 - 12º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2016-2017 - 13º nel girone A di Prima Categoria ligure, perde i play-out contro l'Altarese. Retrocesso in Seconda Categoria.
2017-2018 - 4º nel girone AB di Seconda Categoria ligure, perde i play-off contro il Cervo. Ripescato in Prima Categoria.
2018-2019 - 7º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2019-2020 - 8º nel girone A di Prima Categoria ligure.
2020-2021 - 5º nel girone A1 di Prima Categoria ligure. Ripescato in Promozione.
2021-2022 - 11º nel girone A di Promozione ligure.
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