Il club fu fondato il 19 marzo 1905 da un gruppo di adolescenti, ed il primo presidente fu il quattordicenne Arturo Orgaz. Il nome fu scelto per onorare la storica figura argentina del Generale Manuel Belgrano, e i colori furono presi dalla bandiera argentina, ideata proprio dal Generale Belgrano.
La squadra cominciò a giocare nella seconda divisione del Campionato di Cordoba nel 1908, vincendo il campionato per tre edizioni consecutive, serie che le valse la promozione in prima divisione. Poiché il loro campo di gioco non soddisfaceva le norme per partecipare al torneo, i tifosi e i giocatori del Belgrano erano soliti prendere in prestito dalle case vicine cavi, assi di legno e quant'altro potesse servire per erigere le protezioni necessarie. Pur restituendo tutti gli oggetti ai legittimi proprietari, per la loro abitudine di prendere le cose in prestito senza il permesso, i giocatori e i tifosi del Belgrano furono detti Los Piratas ("I Pirati").
Dopo la fondazione della Federación Cordobesa de Fútbol (Federazione Calcistica di Cordoba), il Belgrano vinse il primo campionato del 1913. La stagione seguente vide la nascita del Derby di Cordoba tra il Belgrano ed il Talleres. La prima giornata di campionato vide lo scontro tra i due club, ma la partita durò solo 4 minuti, in quanto i giocatori del Talleres lasciarono il campo dopo che al Belgrano venne convalidato un goal contestato.
Tra il 1929 e il 1937 il Belgrano vinse 8 Campionati di Cordoba (in tutti gli anni, tranne che nel 1934, vinto dal Talleres), e ne vinse altri 9 negli anni 1940, 1946, 1947, 1950, 1952, 1954, 1955, 1956 e 1957.
Il Belgrano si iscrisse al Campionato Nazionale nel 1968, raggiungendo la Seconda Divisione nel 1986 e la Prima Divisione nel 1992, dove ha giocato fino al 1996. Nel 1998 il club fu nuovamente promosso in Prima Divisione, prima di retrocedere nella stagione 2001/02.
Battendo l'Club Olimpo nei playoff della "Promoción" 2005/06, il Belgrano ha conquistato il diritto di partecipare alla Prima Divisione nella stagione 2006/07.
Nel 2011 ottiene la promozione in Primera División dopo aver vinto l'andata dello spareggio salvezza in casa contro il River Plate e aver pareggiato in trasferta, causando la retrocessione del River in Primera B Nacional.
Celeste, nero
Argentina
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