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Si definisce dominio strutturale (o dominio o modulo) di una proteina un'unità globulare o fibrosa formata da catene polipeptidiche ripiegate in più regioni compatte le quali costituiscono divisioni della struttura terziaria. Sono zone distinguibili della proteina ma unite da segmenti flessibili di catene polipeptiche.

I domini sono "strutture supersecondarie complesse" delle proteine, da non confondere con le strutture supersecondarie semplici. Spesso sono sufficientemente stabili da esistere nella stessa conformazione (o essere prodotti) isolatamente dalla proteina a cui appartengono.

Si distinguono in:

Spesso domini diversi hanno diverse funzioni. Per piccole proteine a volte il dominio corrisponde all'intera proteina.

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