Sebbene la storia del club cominci ufficialmente nel 1946, col nome di Zenit, una squadra con identico nome partecipò alla Coppa dell'URSS già nel 1938. Nel 1949 partecipò per la prima volta al campionato nazionale sovietico, in particolare alla Vtoraja Gruppa (seconda serie), retrocedendo immediatamente nei campionati statali. Ritornò in seconda serie (intanto chiamata Klass B) nel 1959, col nome di Trud.
Con la riforma dei campionati sovietici la Klass B divenne terza serie al termine della stagione 1962 e la squadra retrocesse. Nel 1964 il club fu rinominato Metallurg; nel 1966 la squadra ottenne la promozione in seconda serie, grazie al terzo posto nel girone finale di play-off; la riforma dei campionati sovietici della fine del 1969 costrinsero il club ad una nuova retrocessione, nonostante il quinto posto finale. Tra il 1974 e il 1978 fu conosciuto col nome di Mašinostroitel'; tra il 1979 e il 1983 quello di TOZ. Dal 1984 assunse la denominazione di Arsenal.
Dal 1970 al 1989 rimase in terza serie, senza ottenere risultati significativi: la perse al termine della stagione 1989 quando fu retrocessa nella neonata Vtoraja Nizšaja Liga; nei due anni successivi non riuscì a tornare in terza serie.
Con la fine dell'Unione Sovietica e la nascita del campionato russo di calcio fu collocato in Vtoraja Liga, la terza serie; mantenne la categoria fino al 1997, anno in cui, vincendo il proprio girone, fu promosso in Pervyj divizion. Qui ottenne come miglior risultato un quinto posto nel 1998. Nel 2001 retrocesse in terza serie, ma nel giro di due stagioni ottenne un secondo e un primo posto, ottenendo la promozione e anche la vittoria nella Kubok PFL.
Nel 2004, però, pur ottenendo la salvezza sul campo, il club fallì. Ripartito dai dilettanti col nome di Oružejnik, dal 2008 tornò alla denominazione di Arsenal. Dopo aver militato nel girone dei dilettanti nel 2012, è tornato tra i professionisti. Al primo anno di Vtoroj divizion vinse nel 2012-2013 il proprio girone, tornando in seconda serie. Nel 2014 si piazzò secondo, ottenendo per la prima volta l'accesso alla massima serie. Retrocesso immediatamente nel 2015, tornò in massima serie nel 2016 grazie al secondo posto in seconda serie. Da allora milita nella Prem'er-Liga.
Rosso, giallo
Russia
Igor Cherevchenko
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