ilIl liceo fu istituito il 18 dicembre 1804 con decreto dell'allora Repubblica Italiana napoleonica (ex [[Repubblica Cisalpina]]). Il 7 maggio 1805 il Liceo fu inaugurato presso le antiche scuole cittadine di San Sebastiano, già rette dai [[Gesuiti]]. L'istituzione di un Liceo a Verona fu deliberata in deroga alla legge napoleonica del 4 settembre 1802 (la prima che introdusse i Licei in Italia). All'epoca, infatti, la città di Verona (divisa fra la parte austriaca e la parte francese rispettivamente alla sinistra e alla destra del fiume Adige) non era capoluogo di Dipartimento, e pertanto non avrebbe avuto diritto a un Liceo. Con l'annessione dell'intero Veneto al [[Regno italico|Regno Italico]] (dicembre 1805), Verona fu posta a capo del Dipartimento dell'Adige e il Liceo divenne "Dipartimentale"<ref>{{Cita libro|autore=Tullio Ronconi|titolo=Le origini del R. Liceo Ginnasio S. Maffei di Verona|annooriginale=1909|città=Torino|pp=68-69|opera=Studi Maffeiani}}
L'istituzione del liceo veronese (dicembre 1804) fu preceduta da quella di altri licei, istituiti entro il 1803, come il liceo di Brescia (ora liceo Arnaldo), il liceo di Bergamo (ora liceo Sarpi), il liceo di Cremona (ora liceo Manin), il liceo di Como (ora liceo Volta) e il liceo di Faenza (ora liceo Torricelli). I due licei storici di Milano (il Beccaria e il Parini) godevano, nel primo decennio dell'Ottocento, dello statuto di "Scuole speciali" equiparate ai licei.</ref>.
