Per far fronte alla situazione, la missione militare alleata nella Grecia occupata dall'Asse (sotto il colonnello C.M. Woodhouse), diede ordini, ai partigiani EDES, di contro-attacco e caccia ai loro villaggi e a quelle unità che li avevano utilizzati come basi e roccaforti locali. Aiutati da Allied, con materiale bellico trasferito dalla recente liberata l'Italia meridionale, le forze EDES riuscirono a far fuggire diverse migliaia di musulmani [[ciamurioti]] e a rifugiarsi nella vicina Albania.
Con la liberazione della Grecia e l'inizio della [[guerra civile greca]] alla fine del 1944, gli altopiani dell'Epiro divennero un importante teatro di guerriglia tra la sinistra ([[EllinikósEsercito Laïkósgreco Apeleftherotikós Stratós|esercito grecopopolare di liberazione popolare]] ( ELAS)) e la destra [[Ethnikos Dimokratikos Ellinikos Syndesmos|lega greca nazionale repubblicana]] (EDES). Negli anni successivi (1945-1949), le montagne dell'Epiro divennero anche teatro di alcuni dei più feroci combattimenti della seconda e sanguinosa parte della guerra civile greca. L'episodio finale della guerra ebbe luogo sul [[Gramoz|monte Grammos]] nel 1949, terminato con la sconfitta dei comunisti. La pace tornò nella regione nel 1949, anche se a causa del pubblico coinvolgimento attivo albanese nella guerra civile dalla parte dei comunisti, lo stato formale di guerra tra la Grecia e l'Albania rimase in vigore fino al 1987. Un altro motivo per il proseguimento dello stato di guerra fino al 1987 fu che durante tutto il periodo del regime comunista in Albania, la popolazione greca del [[Nord Epiro]] sperimentò una forzata [[albanizzazione]].<ref>{{harvnb|Pettifer|2001|p=7}}.</ref> Anche se una minoranza greca venne riconosciuta dal regime di [[Enver Hoxha]], questo riconoscimento venne applicato solo ad una "zona di minoranza ufficiale" composta da 99 villaggi, tralasciando importanti aree di insediamento greco, come [[Himara]].<ref name="Konidaris"/> La gente al di fuori della zona ufficiale di minoranza non ricevette alcuna istruzione in lingua greca, che era vietata in pubblico.<ref name="Konidaris"/> Il regime di Hoxha diluì anche la demografia etnica della regione spostando Greci che vi abitano e sistemando al loro posto albanesi provenienti da altre parti del paese.<ref name="Konidaris"/> Le relazioni cominciarono a migliorare nel 1980 quando la Grecia abbandonò le pretese territoriali sul Nord Epiro e con la revoca dello stato ufficiale di guerra tra i due paesi.<ref name="Konidaris"/>
Il crollo del regime comunista in Albania nel 1990-1991 innescò una massiccia migrazione di cittadini albanesi in Grecia, che comprendeva molti membri della minoranza greca. Dalla fine della [[guerra fredda]], molti greci del Nord Epiro stanno riscoprendo la loro eredità greca grazie all'apertura di scuole di [[lingua greca]] nella regione, mentre i ciamurioti hanno chiesto un risarcimento per le loro proprietà perdute. Nel periodo della guerra fredda, i rapporti continuarono a migliorare anche se le tensioni rimasero sulla disponibilità all'istruzione in lingua greca fuori della zona ufficiale di minoranza, sui diritti di proprietà della minoranza, e su occasionali episodi di violenza sui membri della minoranza greca.
