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Una volta entrato nella cellula, HIV, tramite alcuni [[enzimi]] contenuti nella sua struttura, integra il proprio [[genoma]] ([[RNA]]) con quello della cellula ospite trascrivendolo in [[DNA]]. Gli enzimi coinvolti in questa fase si chiamano [[trascrittasi inversa]] e [[integrasi]]. Si tratta di un processo molto importante per il virus, poiché "mascherandosi" all'interno del DNA diventa di fatto inattaccabile dalle difese immunitarie e dalle terapie farmacologiche: è questa la caratteristica principale del processo biologico dei [[retrovirus]].<ref name="L" />
 
A questo punto HIV può avviare subito la replicazione virale o può restare inattivo dentro la cellula, costituendo un serbatoio ineliminabile, che garantisce al virus la sopravvivenza nell'organismo ospitante a tempo indeterminato, per l'intera durata della vita del soggetto.<ref name="L" /> Quando il virus si attiva (per ragioni non completamente chiarite, ma legate comunque all'entrata in attività della cellula ospite e quindi sistema immunitario) il virus obbliga la cellula ospitante a produrre al suo interno le proteine e l'acido nucleico virale (RNA) che, come un puzzle, si assemblano all'interno della stessa cellula fino a creare virioni completi. L'enzima che modella le macroproteine in una forma idonea a dare vita a nuovo virus è chiamato [[proteasi]].<ref name="L" />
 
I nuovi virioni vengono quindi espulsi dalla cellula per [[gemmazione]] e immessi nel sistema circolatorio. Nell'uscire essi formano le proprie membrane esterne ([[pericapside]]) col materiale della cellula che li ha prodotti e creano una sorta di lacerazioni nella [[membrana cellulare]] ospitante che provocano la morte della cellula. È quindi il processo replicativo, non l'ingresso o la permanenza del virus nella cellula, che è dannoso. Le terapie farmacologiche odierne mirano infatti a inibire la replicazione e l'aggancio di nuovi bersagli agendo sulle proteine e sugli enzimi del virus, non eliminando il virus.<ref name="L" />