UniProt: differenze tra le versioni
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==Il Consorzio UniProt==
Il Consorzio UniProt (UniProt Consortium) comprende l'[[European Bioinformatics Institute]] (EBI), lo [[Swiss Institute of Bioinformatics]] (SIB) e la [[Protein Information Resource]] (PIR). EBI, che si trova presso il Wellcome Trust Genome Campus a [[Hinxton]], [[Regno Unito]], ospita un grande centro di database e servizi di bioinformatica. SIB, con sede a [[Ginevra]], [[Svizzera]], gestisce i server della [[ExPASy]] (Expert Protein Analysis System) che sono una risorsa centrale per strumenti e database di [[proteomica]]. PIR, ospitato dal National Biomedical Research Foundation (NBRF) al [[Georgetown University]] Medical Center a [[Washington]], DC, USA, è l'erede del più antico database di [[Sequenza peptidica|sequenze proteiche]], ''Atlas of Protein Sequence and Structure'' di [[Margaret Dayhoff]], pubblicato la prima volta nel [[1965]].<ref name="dayhoff">{{Cita libro |autore=Dayhoff, Margaret O. |titolo=Atlas of protein sequence and structure |editore=National Biomedical Research Foundation |città=Silver Spring, Md |anno=1965 |id=ISBN }}</ref> Nel [[2002]] EBI, SIB, e PIR hanno unito le loro forze, con il nome di Consorzio UniProt<ref>[
==Le origini dei database UniProt==
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Swiss-Prot è stata creata nel 1986 da [[Amos Bairoch]] durante il suo dottorato e sviluppata dal [[Swiss Institute of Bioinformatics]] e dall'[[European Bioinformatics Institute]].<ref name=Bairoch2000>{{Cita pubblicazione |autore=Bairoch Amos|titolo=[http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/reprint/16/1/48 Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!] |rivista=Bioinformatics |volume=16 |pagine=48–64 |anno=2000 |pmid=10812477 |doi=10.1093/bioinformatics/16.1.48 |numero=1}}</ref><ref>Séverine Altairac, "[http://expasy.org/prolune/pdf/prolune018_fr.pdf Naissance d'une banque de données: Interview du prof. Amos Bairoch]". ''[http://expasy.org/prolune/ Protéines à la Une]'', agosto 2006. ISSN 1660-9824.</ref> Swiss-Prot ha lo scopo di fornire sequenze proteiche affidabili associate a un elevato livello di annotazioni (come la descrizione della funzione di una proteina, la struttura del suo [[Dominio (biochimica)|dominio]], le [[Modificazione post traduzionale|modificazioni post traduzionali]], le varianti, etc.), un livello minimo di ridondanza e un alto livello di integrazione con altre banche dati. Riconoscendo che i dati della sequenza venivano prodotte ad un ritmo superiore alla capacità di gestirli di Swiss-Prot, venne creata TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) per fornire annotazioni automatizzate per le proteine non ancora presenti in Swiss-Prot. Nel frattempo, PIR mantenne il PIR-PSD e i relativi database, compreso iProClass, un database di sequenze proteiche e famiglie.
I membri del consorzio hanno unito le loro risorse e competenze che si sovrapponevano, e lanciato UniProt nel dicembre 2003.<ref name="pmid21051339">{{Cita pubblicazione |autore= |titolo=Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource |rivista=[[Nucleic Acids Research]] |volume=39 |numero=Database issue |pagine=D214–9 |anno=2011 |mese=gennaio|pmid=21051339 |pmc=3013648 |doi=10.1093/nar/gkq1020 |url=
==Organizzazione dei database UniProt==
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===UniProtKB===
UniProt Knowledgebase ('''UniProtKB''') è un database di proteine curato da esperti, composto da due sezioni. '''UniProtKB/Swiss-Prot''' (contenente voci revisionate, annotate manualmente) e '''UniProtKB/TrEMBL''' (contenente voci non revisionate, annotate automaticamente).<ref name="pmid19843607">{{Cita pubblicazione |autore= |titolo=The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 |rivista=Nucleic Acids Res. |volume=38 |numero=Database issue |pagine=D142–8 |anno=2010 |mese=gennaio|pmid=19843607 |pmc=2808944 |doi=10.1093/nar/gkp846 }}</ref> Nella versione 2010_09 del 10 agosto 2010, UniProtKB/Swiss-Prot conteneva 519.348 voci, e UniProtKB/TrEMBL conteneva 11.636.205 voci.<ref name=SPstats>[http://www.expasy.org/sprot/relnotes/relstat.html UniProtKB/SwissProt release statistics]</ref><ref name=TrEMBLstats>[
==== UniProtKB/Swiss-Prot ====
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*{{cita web|http://www.uniprot.org|UniProt}}
*{{cita web|http://beta.nextprot.org|neXtProt}}
*{{cita web|
*{{cita web|http://www.isb-sib.ch/|SIB}}
*{{cita web|http://pir.georgetown.edu/|PIR}}
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