Sul [[matroneo]] della parete di fondo della basilica pelagiana si trova l'[[organo a canne]], costruito nel [[1958]] dai [[fratelli Ruffatti]] (probabilmente) in sostituzione dell'organo precedente - databile [[1860]] ad opera della famiglia Priori - distrutto durante il [[bombardamento di Roma|bombardamento]] del 19 luglio [[1943]]. Si parla in termini di probabilità perché - da un'analisi più recente di materiale fotografico ([[2019]]) - sembrerebbe che, prima del bombardamento, fosse già collocato sul matroneo un organo "riformato" (secondo quei canoni genericamente detti "ceciliani"). Ritornando all'organo di Ruffatti, si parla, in sostanza, di uno strumento la cui [[consolle (organo)|consolle]] era (ed è) costituita da due ''manuali'' da 61 note e da una [[pedaliera|pedaliera concavo-radiale]] da 32 note. Nel [[1981]], lo strumento venne revisionato dall'[[organaro]] [[Alvaro Vercelli]], il quale spostò la ''consolle'' dal matroneo al [[presbiterio]] e sostituì il registro ''Gamba 8<nowiki>'</nowiki>'' del Grand'Organo (primo Manuale) con la ''XIX 1.1/3<nowiki>'</nowiki>'' e il registro ''Salicionale 8<nowiki>'</nowiki>'' del secondo Manuale con il ''Piccolo 1<nowiki>'</nowiki>'', allo scopo di "barocchizzare" uno strumento ricco di registri da 8 piedi reali e con una presenza significativa di violeggianti (una disposizione perfettamente in linea con i principi ceciliani per una riforma dell'organo italiano di cui si faceva riferimento poc'anzi). Nel [[1992]], la ''consolle'' venne ricollocata nella sua posizione originaria (al centro del matroneo). Nel 2019, l'organo è stato restaurato dalle maestranze della "[["Bottega Organara Dell'Orto e Lanzini"]]". L'opera - resa possibile grazie all'interessamento di padre [[Armando Ambrosi]] (parroco di San Lorenzo) - era stata considerata necessaria già da diversi anni per via del pessimo stato in cui versava lo strumento. Sull'organo - pressoché invariato dal punto di vista della sua configurazione (eccetto che per la ''consolle'', ripristinata necessariamente con l'uso di materiali tecnologici di ultima generazione) - sono stati aggiunti due nuovi registri al ''pedale'': il ''Basso acustico 32<nowiki>'</nowiki>'' e la''Tromba 8<nowiki>'</nowiki>''. Inoltre, sono stati aggiunti in ''consolle'': il [[sequencer]], il ''traspositore'' e un comando per l'inserimento delle ''Unioni a cascata''.
