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=== Morfologia esterna ===
[[File:Ali Vertebrati.TIF|thumb|left|Struttura alare a confronto di tre classi di vertebrati|240px]]
Le ali si sono sviluppate dalla modifica sostanziale dell'arto superiore, dove l'avambraccio e, ancor di più, le ossa metacarpali e le falangi della mano hanno subito un allungamento sproporzionato. Le dita sono unite tra loro da una membrana cutanea vascolarizzata, chiamata [[patagio]], la quale si estende fino ai fianchi del corpo e agli arti inferiori. In gran parte delle specie esiste un'ulteriore membrana tra le zampe, chiamata membrana interfemorale o [[uropatagio]], e che talvolta può incorporare la coda. Solitamente alla base della caviglia è posizionato uno sperone cartilagineo, chiamato [[calcar]] che permette il dispiegamento e la sostentazione di tale membrana. Le proporzioni alari variano notevolmente tra le diverse specie e possono essere lunghe e strette nei pipistrelli che hanno bisogno di grande autonomia, oppure corte e larghe in quelli che sono soliti effettuare manovre rapide e con improvvisi cambi di direzione, specialmente nella fitta vegetazione o in presenza di ostacoli molto vicini tra loro.
 
Sono state registrate velocità variabili tra i 16&nbsp;km/h nel [[Pipistrellus pipistrellus|pipistrello nano]] e i 165&nbsp;km/h nel [[Tadarida brasiliensis|pipistrello dalla coda libera messicano]], la più alta mai registrata in volo orizzontale tra tutti gli animali volanti<ref>{{cita pubblicazione | autore = McCracken GF, Kamran Safi, Kunz TH, Dechmann DKN, Swartz SM & Wikelski M| titolo =Airplane tracking documents the fastest flight speeds recorded for bats| rivista =Journal of the Royal Society Open Science |anno = 2016 |url=http://rsos.royalsocietypublishing.org/content/3/11/160398 | cid=McCracken & al., 2016}}</ref>. Le dita non sono indipendenti dalla membrana alare eccetto il primo e, negli [[Pteropodidi]], anche il secondo dito. Il pollice è munito di 2 falangi, termina con un'unghia ed è sempre funzionale, eccetto che nella famiglia dei [[Furipteridae|Furipteridi]]. L'indice può essere rappresentato soltanto dal [[metacarpo]], oppure da una a tre falangi. In alcuni Pteropodidi, quest'ultimo termina con un artiglio. Le altre tre dita hanno invece sempre 2-3 falangi, l'ultima delle quali solitamente di consistenza cartilaginea.
I [[Chirotteri]] sono stati per molti anni suddivisi in due sottordini, basandosi sostanzialmente su evidenti differenze anatomiche, come la forma dell'orecchio esterno, la struttura dell'articolazione dell'[[omero (anatomia)|omero]] e la conformazione dentaria, e da informazioni paleontologiche, evidenziate soprattutto dalla modalità di percezione sensoriale dominante, visiva nei [[Megachirotteri]] e supportata dall'ecolocazione nei [[Microchirotteri]], con la susseguente ipotesi che la sofisticata emissione di ultrasuoni attraverso la laringe avesse avuto un'unica origine tra gli antenati comuni di questo sottordine. In seguito questi ultimi furono a loro volta suddivisi in due infraordini chiamati Yinochiroptera, comprendenti le superfamiglie dei Rhinolophoidea ed Emballonuroidae e Yangochiroptera, contenenti i Noctilionoidea e i Vespertilionoidea, distinti tra loro dall'assenza o mobilità delle ossa pre-premascellari nei primi o dalla loro completa saldatura alle ossa circostanti nei secondi<ref>{{cita pubblicazione | autore =Springer MS| titolo =Integrated fossil and molecular data reconstruct bat echolocation| rivista =Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America | volume = 98 |numero = 11 |anno = 2001 |pp=6241-6246|url=http://www.pnas.org/content/98/11/6241/T2.expansion.html | cid=Springer & al., 2001}}</ref>.
 
Per diverso tempo si è dibattuto sulla reale posizione degli [[Pteropodidi]] all'interno dell'ordine stesso considerando anche la possibilità di una parentela con i [[Primates|Primati]] giustificata da alcune somiglianze morfologiche tra loro, in particolare del sistema visivo. L'avvento delle moderne tecniche di ricerca molecolare durante gli anni 80 e 90 non solo rigettarono quest'ultima ipotesi ma rafforzarono la tesi che l'ordine dei [[Chirotteri]] non fosse [[Monofilia|monofiletico]] ma che due grandi gruppi si separarono dal ramo progenitore. Il primo più ancestrale, fu chiamato Yinpterochiroptera o Pteropodiformi ed includeva gli [[Pteropodidi]] e le superfamiglie dei Rhinolophoidea e Rhinopomatoidea, mentre l'altro chiamato Yangochiroptera o Vespertilioformi comprendeva tutte le altre famiglie di [[Microchirotteri]]<ref>{{cita pubblicazione | autore =Hutcheon JM & Kirsch JAW| titolo =A moveable face: deconstructing the Microchiroptera and a new classification of extant bats| rivista =Acta Chiropterologica | volume = 8 |numero = 1 |anno = 2006 |pp =1-10| cid=Hutcheon & Kirsch, 2006}}</ref>. Questa nuova suddivisione portò a considerare l'origine dell'ecolocazione sotto due nuovi punti di vista, ovvero che tale funzionalità si sia originata nei progenitori di tutti i pipistrelli e che successivamente si sia persa nell'antenato comune degli [[Pteropodidi]] oppure che questa abbia avuto origine in più di un'occasione lungo il percorso evolutivo dei [[Microchirotteri]]<ref>{{cita|Gunnell & Simmons, 2012}}.</ref>.
 
* Ordine '''Chiroptera''' (<span style="font-variant: small-caps">[[Johann Friedrich Blumenbach|Blumenbach]], [[1891]]</span>)
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