[[File:Shinano river.JPG|thumb|Vista aerea del [[Shinano (fiume)|fiume Shinano]] ]]
A causa della conformazione stretta e allungata delle isole giapponesi, i fiumi che attraversano il Paese sono generalmente brevi. Essi sono inoltre rigonfi durante il disgelo primaverile o le piogge estive, diventando invece esigui corsi d'acqua durante la stagione asciutta; la scarsa profondità e le frequenti rapide ne permettono la navigazione unicamente a imbarcazioni molto leggere. ; Il fiume più lungo è lo [[Shinano (fiume)|Shinano]], nell'isola di [[Honshū|Honshu]], con un corso di circa 370 km;<ref name="fiumijap">{{cita web|url=http://www.sulgiappone.it/geografia-giappone/idrografia-giappone|cognome=|nome=|titolo=Idrografia del Giappone|editore=sulgiappone.it|data=|accesso=28 dicembre 2012|urlmorto=sì|urlarchivio=https://web.archive.org/web/20130430015610/http://www.sulgiappone.it/geografia-giappone/idrografia-giappone|dataarchivio=30 aprile 2013}}</ref> sull'isola altri fiumi importanti sono il [[Tone (fiume)|Tone]], il [[Kitakami (fiume)|Kitakami]], il [[Tenryū (fiume)|Tenryu]] e il [[Mogami (fiume)|Mogami]].<ref>{{cita web|url=http://www.treccani.it/enciclopedia/honshu/|cognome=|nome=|titolo=Honshu|editore=treccani.it|data=|accesso=28 dicembre 2012}}</ref> Tra i principali fiumi di Hokkaidō vi sono l'[[Ishikari (fiume)|Ishikari]], secondo fiume giapponese per estensione del bacino,<ref>{{cita web|url=http://www.treccani.it/enciclopedia/ishikari/|cognome=|nome=|titolo=Ishikari|editore=treccani.it|data=|accesso=28 dicembre 2012}}</ref> oltre al [[Teshio (fiume)|Teshio]] e al [[Tokachi (fiume)|Tokachi]].<ref>{{cita web|url=http://www.sapere.it/enciclopedia/Hokkaid%C5%8D.html|cognome=|nome=|titolo=Hokkaidō|editore=sapere.it|data=|accesso=28 dicembre 2012}}</ref> Lo [[Yoshino (fiume)|Yoshino]] è il maggiore fiume di [[Shikoku]].<ref>{{cita web|url=http://www.treccani.it/enciclopedia/shikoku_(Enciclopedia-Italiana)/|cognome=Muccioli|nome=Marcello|titolo=SHIKOKU|editore=treccani.it|data=|accesso=28 dicembre 2012}}</ref> Numerosi sono i laghi, alcuni di origine vulcanica, che spesso si formano nelle [[Caldera|caldere]] dei vulcani spenti e altri formati da sbarramenti delle valli fluviali; in gran parte sono situati in montagna, dove spesso sono diventati luoghi di soggiorno estivi. Il principale è il [[lago Biwa]], nell'isola di Honshu, che ha una superficie di 670 km² e una profondità di 104 m.<ref name="fiumijap" />
