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Tuttavia, Leonardo da Vinci osservò le tracce (icnofossili) lasciate da antichi organismi perforanti:<blockquote>"Vedesi in nelle montagnie di Parma e Piacentia le moltitudini di nichi e coralli intarlati, ancora appiccicati alli sassi, de’ quali quand’io facevo il gran cavallo di Milano, me ne fu portato un gran sacco nella mia fabbrica da certi villani".</blockquote><blockquote>- Leicester Codex, folio 9r </blockquote>
Conseguentemente, le conchiglie pietrificate non potevano essere curiosità inorganiche, ma resti di antichi organismi<ref>Baucon, A. 2010. Da Vinci’s ''Paleodictyon'': the fractal beauty of traces. Acta Geologica Polonica, 60(1). Consultabile da http://www.tracemaker.com</ref>. Con le parole di Leonardo:<blockquote>"Ancora resta il vestigio del suo andamento sopra la scorza che lui già, a uso di tarlo sopra il legname, andò consumando [...]".</blockquote><blockquote>- Leicester Codex, folio 9v</blockquote>
Per quanto taliLe intuizioni risalganopaleontologiche a molti secoli prima, alcuni ritengono giustificato consideraredi Leonardo da Vinci il fondatore delle due principali branche della paleontologia, l'icnologiaprive edel lotutto studiodel deisupporto restidel fossilimetodo di organismiscientifico, discipline che tuttavia avrebbero avuto una sistematizzazione scientifica solo alcuni secoli dopo. Le intuizioni paleontologiche di Leonardo sono ritenute comunqueeccezionali eccezionali:in quanto da Vinci riuscì ad interpretare correttamente non solo le perforazioni fossili prodotte da antichi organismi nel guscio dei molluschi, ma anche le gallerie scavate nel soffice sedimento da antichi organismi marini<ref>Baucon A., Bordy E., Brustur T., Buatois L., Cunningham T., De C., Duffin C., Felletti F., Gaillard C., Hu B., Hu L., Jensen S., Knaust D., Lockley M., Lowe P., Mayor A., Mayoral E., Mikulas R., Muttoni G., Neto de Carvalho C., Pemberton S., Pollard J., Rindsberg A., Santos A., Seike K., Song H., Turner S., Uchman A., Wang Y., Yi-ming G., Zhang L., Zhang W. 2012. A history of ideas in ichnology. In: Bromley R.G., Knaust D. Trace Fossils as Indicators of Sedimentary Environments. Developments in Sedimentology, vol. 64. Riassunto consultabile da http://www.tracemaker.com</ref>.
La storia della paleontologia mostra che le gallerie di invertebrati sono i fossili più difficili da comprendere: fino ai primi anni del Novecento erano generalmente interpretati come resti fossili di alghe, tanto da essere denominati fucoidi. Quasi cinquecento anni prima, Leonardo aveva capitointuito che quelle strutture sugli strati (falde) erano icnofossili prodotti da organismi vermiformi nel soffice fondale marino, poi divenuto roccia<ref name=":0" />:<blockquote>"Come nelle falde, infra l’una e l’altra si trovano ancora gli andamenti delli lombrici, che caminavano infra esse quando non erano ancora asciutte".</blockquote><blockquote>- Leicester Codex, folio 10v</blockquote>
==== Gli studi d'anatomia ====
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