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Per quanto riguarda la politica interna, Jefferson si adoperò per abbattere il [[debito pubblico]] degli Stati Uniti accumulato durante i primi anni della giovane democrazia americana. Di fatto fu molto efficiente nel perseguire tale scopo, tanto che alla fine del suo mandato il debito risultava decisamente ridotto rispetto al livello di quando era stato eletto presidente. Tale merito va però riconosciuto ''in primis'' al suo ministro del tesoro [[Albert Gallatin]], che rimase in carica fino al [[1814]], portandolo da 80 a 45 milioni di dollari.<ref>{{cita|Bernstein|p. 148|bernstein}}.</ref>
Nonostante i suoi numerosi successi, Jefferson dovette anche incassare alcune sonore sconfitte da parte dell'opposizione federalista. Il 13 febbraio [[1801]] il Congresso – che all'epoca fruiva di una maggioranza federalista dei seggi – aveva varato il cosiddetto ''Judiciary Act of 1801'' che, come già detto in precedenza, creava una serie di nuove corti federali con tanto di giudici, il tutto messo in atto dai federalisti ''[[in extremis]]'' per ostacolare il presidente neo-eletto. Complessivamente, con le ''nomine di mezzanotte'' Adams aveva nominato nelle ultime ore del suo mandato, durante la notte del 2 marzo [[1801]], 42 nuovi giudici federali, tra i quali il suo ministro degli esteri [[John Marshall]], nominato Primo Giudice della [[Corte Suprema degli Stati Uniti d'America|Corte Suprema]]. A causa del poco tempo rimasto a disposizione di Adams per effettuare tutte le nomine necessarie, Marshall non riuscì a ricevere in tempo tutti i documenti necessari che lo qualificavano come primo giudice della Corte Suprema, fatto che spinse Jefferson a definire nulla la nomina disposta da Adams. Di conseguenza [[William Marbury]], uno dei giudici federali eletti da Adams, fece causa presso la Corte Suprema nei confronti del nuovo ministro della giustizia [[James Madison]], accusandolo di rifiutare di riconoscere la sua posizione di giudice federale. Nel processo seguente la Corte Suprema però stabili che non poteva giudicare in merito alla vicenda, in quanto tale caso non rientrava nelle proprie competenze. Tuttavia, prima che tale fatto emergesse, John Marshall, che ricopriva la carica di primo giudice della Corte Suprema, riuscì a dimostrare che Madison aveva compiuto un illecito non riconoscendo la carica di giudice federale di Marbury. Se pure di fatto Marbury non poteva essere ancora nominato a tutti gli effetti giudice federale, in quanto privo dei documenti necessari, questo verdetto diede forza all'opposizione e a tutte le corti federali dove erano stati nominati giudici filofederalisti. Tale evento portò infine all'accusa e alla rimozione del giudice filorepubblicano John Pickering, per il quale si ottenne l'[[impeachment]], finendo con l'essere rimosso dalla sua funzione di giudice.
==== Secondo mandato ====
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