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Data la [[radioattività]] della tecnica, si è preferito utilizzare in sostituzione dei deossiribonucleotidi legati a molecole che agiscono come [[fluorofori]], al posto degli isotopi radioattivi del fosforo, capaci dunque di mostrare fluorescenza se sottoposti ad adeguata illuminazione in analisi.
Il metodo si avvale di una sequenza di DNA doppio filamento, che una volta purificata viene ad essere tagliata con una endonucleasi ''a-specifica'' come la [[DNasi|DNAsiI]] capace di causare delle rotture a singolo filamento, in gergo chiamate proprio '''nick
La reazione può essere controllata inibendo chimicamente l'enzima, attraverso l'introduzione di [[tris-EDTA]] in soluzione: questo causa la denaturazione della miscela enzimatica portando al termine della reazione.
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