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Riga 16: == Applicazioni == IlL'ibridazione ~~trasferimento di~~del Southern Blotting può essere ~~utilizzato~~utilizzata per la clonazione basata su omologia ~~sulla base~~ della sequenza aminoacidica del prodotto proteico del gene bersaglio. Gli oligonucleotidi sono progettati in modo tale da essere simili alla sequenza target. Gli oligonucleotidi sono sintetizzati chimicamente, radiomarcati e usati per screenare una libreria di DNA o altre raccolte di frammenti di DNA clonati. Le sequenze che si ibridano con la sonda di ibridazione vengono ulteriormente analizzate, ad esempio, per ottenere l'intera sequenza di lunghezza del gene bersaglio. Il southern blot può anche essere utilizzata per identificare siti metilati in determinati geni. Particolarmente utili sono le nucleasi di restrizione MspI e HpaII, entrambe le quali riconoscono e si dividono all'interno della stessa sequenza. Tuttavia, HpaII richiede che una C all'interno di quel sito sia metilata, mentre MspI scinde solo il DNA non metilato in quel sito. Pertanto, tutti i siti metilati all'interno di una sequenza analizzata con una sonda particolare saranno scissi dal primo, ma non dal secondo, enzima.<ref>{{Cita pubblicazione\|autore=\|titolo=Biochemistry 3rd Edition, Matthews, Van Holde et al, Addison Wesley Publishing, pg 977\|rivista=\|volume=\|numero=}}</ref>

Southern blot: differenze tra le versioni