Il suo nome è associato ai [[presunti rapporti tra servizi segreti italiani e criminalità]], culminati nella [[strage di via d'Amelio]] dove morì in un attentato il giudice [[Paolo Borsellino]] che in quel periodo indagava sui [[Trattativa tra Stato italiano e Cosa nostra|collegamenti tra mafia e Stato]], e alla cosiddetta "zona grigia" tra legalità e illegalità.<ref>[{{webarchive |url=http://web.archive.org/web/20200407105307/http://www.19luglio1992.com/index.php?option=com_content&view=article&id=8592:contrada-mafioso-a-sua-insaputa&catid/ |data=2:editoriali&Itemid=47 aprile 2020|titolo=Marco Travaglio, ''Contrada mafioso a sua insaputa'']}}</ref> Contrada si è dichiarato collaboratore e amico di Borsellino, ma i familiari del magistrato assassinato hanno smentito fermamente<ref>[http://www.repubblica.it/2007/12/sezioni/cronaca/caso-contrada/borsellino-contrada/borsellino-contrada.html Contrada: "Ero amico di Borsellino" La famiglia del magistrato: "Falso"], la Repubblica, 1º gennaio 2008</ref>. Anche [[Giovanni Falcone]] pareva non si fidasse di lui da tempo.<ref>[http://ricerca.repubblica.it/repubblica/archivio/repubblica/1994/06/15/falcone-non-si-fidava-di-bruno.html 'FALCONE NON SI FIDAVA DI BRUNO CONTRADA'], la Repubblica, 15 giugno 1994</ref> In gioventù fu amico e collaboratore di [[Boris Giuliano]], la cui moglie ha espresso invece perplessità sulla colpevolezza di Contrada.<ref>[http://www.corriere.it/cronache/16_maggio_18/vedova-giuliano-fiction-rai-cosa-c-entra-caso-contrada-mafia-8ff7bbac-1d10-11e6-a8eb-04e4fcf1d7a7.shtml La vedova Giuliano e la fiction Rai]</ref>
Arrestato il 24 dicembre 1992, Contrada, che si è dichiarato estraneo al reato, in un primo tempo assolto in appello, è stato condannato in via definitiva nel 2007 a 10 anni di carcere per [[Concorso esterno in associazione di tipo mafioso|concorso esterno in associazione mafiosa]]. Nel 2011-12 venne respinta la richiesta di revisione del processo e sempre nel 2012 finì di scontare la pena.
