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=== Campagna Zerg ===
All'inizio della campagna Zerg, il giocatore, che questa volta veste i panni di un "Cerebrato", sarà impegnato nella custodia di una preziosa [[crisalide]], che contiene la più straordinaria creazione dell'[[StarCraft (serie)#Unica Mente|Unica Mente]], sul pianeta Tarsonis, su cui è in corso ancora la guerra contro i [[Protoss]], attirati dagli emettitori psionici posizionati sulla piattaforma orbitante durante la campagna terrestre. In seguito la crisalide, dopo essere stata spostata tramite viaggio interstellare sul pianeta [[StarCraft (serie)#Cosmologia|Char]], e durante la cui gestazione dev'essere difesa prima dall'arrivo di un'armata terrestre capitanata dal Generale Duke, e poi nuovamente dall'arrivo dello sceriffo Raynor e dei suoi uomini, si apre e si scopre che contiene proprio Kerrigan, che è stata infestata dagli alieni ed ora, con un aspetto mostruoso e nuovi poteri, è al servizio dell'Unica Mente, ossia del loro "cervello collettivo". In seguito Kerrigan farà irruzione in una nave scientifica terrestre per rubare dei dati riguardo laalla ricerca Confederata sui "Fantasmi" e le loro abilità psioniche. Una volta che l'Unica Mente ha così ottenuto ciò che voleva, Char viene invaso per la terza volta da una forza ostile, questa volta dei Protoss, capitanati dall'eroe [[StarCraft (serie)#Tassadar|Tassadar]], il quale trova un valido aiuto nei [[StarCraft (serie)#Fazioni Protoss|Templari Oscuri]] (detti anche Nerazim), una stirpe di Protoss rinnegati. Si scoprirà a fine missione che l'attacco era un diversivo usato dai Protoss, che con una nuova e misteriosa arma, per mano di [[StarCraft (serie)#Zeratul|Zeratul]], hanno ucciso ZasZ, uno degli altri Cerebrati, a capo della genia Zerg "Garm". A causa di tutto ciò il giocatore si troverà costretto ad eradicare dal pianeta Char tutta la genia Garm, che senza la guida di Zasz è andata fuori controllo. Si scoprirà che ad attaccare Char e ad uccidere Zasz non sono dei comuni Protoss ma una casta differente, i Templari oscuri, muniti di poteri e armi avanzate tali da mettere in allerta persino l'Unica Mente. Con una trappola, l'armata di [[Zeratul]] viene attirata su Char, e i Templari Oscuri non riescono a darsi alla fuga. Avviene quindi l'invasione del pianeta [[StarCraft (serie)#Cosmologia|Aiur]], pianeta natale dei Protoss, sul quale sono presenti dei cristalli di grande potenza chiamati [[Cristalli Khaydarin]], che verranno prelevati e posizionati dove si trovano le rovine dell'antico tempio che li custodiva. Kerrigan nel frattempo rimane su Char per cacciare gli ultimi Protoss rimasti. Si scoprirà che il tempio è stato costruito da una razza antica chiamata [[Xel'naga]], che sono gli antenati sia degli Zerg che dei Protoss (o "Primogeniti", ossia la prima creazione dell'antica razza). La missione termina con un video, che mostra Aiur in fiamme, invaso dallo Sciame.
=== Campagna Protoss ===
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