Era la figlia di [[Galeotto I di RiminiMalatesta]] e di [[Gentile da Varano]] sorella di Elisabetta moglie di [[Malatesta Malatesta]] signore di [[Pesaro]] e di [[Fossombrone]].
Margherita sposò [[Francesco Gonzaga]] ed ebbe come figlio [[Gianfrancesco I Gonzaga]], che nel [[1409]] sposò [[Paola Malatesta]], figlia di Malatesta Malatesta.