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Il [[Sesso (biologia)|sesso]] di uno squalo può essere determinato in modo semplice. Nei maschi si trovano [[pinne ventrali|pinne pelviche]] modificate che costituiscono i “claspers”, termine inglese che indica delle appendici prensili, comuni in alcuni pesci ed [[insecta|insetti]], che servono a trattenere la femmina durante l'accoppiamento. Questo termine inglese può essere fuorviante; negli squali infatti i “claspers”, in italiano pterigopodi o [[gonopodio|gonopodi]], adempiono anche la funzione che nei [[mammiferi]] è svolta dal [[pene]].
L'[[accoppiamento (zoologia)|accoppiamento]] tra squali è stato osservato raramente in maniera diretta, e tra le varie specie ci sono delle differenze non trascurabili in questa pratica. Il piccolo [[Scyliorhinidae|squalo gatto]] ad esempio, si accoppia arrotolandosi intorno al corpo della femmina, mentre nelle specie più grandi e meno flessibili, maschio e femmina nuotano paralleli uno all'altra finché il primo non inserisce uno dei “clasper” nell'ovidotto della femmina. Molte femmine delle specie più grandi presentano segni di morso che derivano loro dal tentativo del maschio di mantenere la posizione corretta durante l'accoppiamento. I segni possono derivare anche dalle pratiche di corteggiamento, durante le quali il maschio può mordere la femmina per dimostrare il suo interesse. In alcune specie la femmina ha sviluppato una [[pelle]] più robusta per ovviare a questo problema.
Gli squali hanno una strategia di [[riproduzione]] differente da quella della maggior parte dei pesci. Invece di produrre un enorme numero di [[uovo (biologia)|uova]] e progenie (strategia che in media produce un tasso di sopravvivenza dello 0,1%), gli squali generano una dozzina di cuccioli (anche se è documentato che una [[Prionace glauca|verdesca]] ne ha partoriti 135, ed alcune specie non ne mettono al mondo più di due alla volta )<ref name="FAO">{{Cita | L.J.V. Compagno, 1984 | | FAO}}</ref>. Questi cuccioli sono protetti da membrane molto robuste che avvolgono le uova, o vengono alla luce già vivi.
[[Immagine:PortJacksonShark'sEgg20050417c.JPG|thumb|right|Contenitore per le uova di uno [[Heterodontus portusjacksoni|squalo di Port Jackson]], ritrovato presso Vincentia Beach, nel territorio di [[Jervis Bay]], in [[Australia]]]]
 
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* '''[[Oviparità]]''': alcuni squali depongono uova. In questi casi, spesso l'[[embrione]] viene protetto da un contenitore della consistenza della pelle di squalo. A volte questi contenitori vengono infilati in fessure per aumentare il livello di protezione. I [[Borsellino della sirena|borsellini delle sirene]], che di tanto in tanto vengono rinvenuti sulle spiagge, sono proprio contenitori per uova rimasti vuoti. Tra gli squali ovipari ci sono lo [[Heterodontus francisci|squalo corno]], lo [[Scyliorhinidae|squalo gatto]], lo [[Heterodontus portusjacksoni|squalo di Port Jackson]] ed il ''[[Cephaloscyllium ventriosum]]''<ref>{{cita web | url=http://www.lifesciences.napier.ac.uk/teaching/MB/Fish02.html |titolo=Fish diversity, adaptions, and life histories|opera= Marine biology|editore=School of Life Sciences, Napier University|accesso=07-04-2009|nome=Teresa|cognome=Fernandes}}</ref>.
* '''[[Viviparità]]''': queste specie mantengono un collegamento “[[placenta]]le” con l'embrione in via di sviluppo, in modo analogo a quanto fanno i [[mammiferi]] durante la [[gravidanza|gestazione]]. In questo modo il cucciolo nasce già vivo e con tutte le funzionalità attive. Lo [[squalo martello]], gli [[Carcharhinidae|squali requiem]] (come il [[Squalo toro|toro]] ed il [[Squalo tigre|tigre]]), lo [[Cetorhinus maximus|squalo elefante]] ed il [[gattuccio]] appartengono a questa categoria. Gli [[Scyliorinidae]] portano avanti la gestazione più lunga che si conosca negli squali, tra i 18 ed i 24 mesi. Si ritiene che lo [[squalo elefante]] ed il ''[[Chlamydoselachus anguineus]]'' superino questo limite di durata, ma non ci sono prove scientifiche di ciò<ref>{{Cita | L.J.V. Compagno, 1984 | pagg 14 e 235 | FAO}}</ref>.
* '''[[Ovoviviparità]]''': è il metodo riproduttivo più diffuso tra gli squali. Il cucciolo viene nutrito dal [[tuorlo]] dell'uovo e poi da fluidi secreti dalle [[ghiandole]] della parete dell'[[ovidotto]]. Durante tutta la fase di crescita dell'embrione l'uovo rimane all'interno dell'ovidotto in modo da usufruire delle due fonti di nutrimento citate in precedenza. Come accade nel caso dei vivipari, quando viene alla luce il cucciolo è già vivo ed è in possesso di tutte le sue funzionalità. Alcune specie praticano l'[[ovofagia]]; in questi casi il primo embrione ad attecchire si ciba dei rimanenti all'interno dell'ovidotto. Si ritiene che questo meccanismo sia diffuso tra tutti i [[Lamniformes]]. I cuccioli di [[squalo toro]] hanno portato questo meccanismo ad un'evoluzione ancora più avanzata: l'embrione dominante si ciba degli altri embrioni in fase di sviluppo ([[cannibalismo#cannibalismo intrauterino|cannibalismo intrauterino]]). L'aspetto caratterizzante dell'ovoviviparità è che i nascituri raggiungono dimensioni considerevoli prima di venire alla luce. In seguito al ritrovamento, nel [[1953]], di un uovo che conteneva un embrione quasi completamente formato lo [[squalo balena]] è stato per anni classificato come oviparo. Tuttavia, la rarità dei ritrovamenti di uova, la presenza negli adulti dell'[[ombelico]] e altre caratteristiche hanno portato i ricercatori alla conclusione che si trattasse di un uovo [[aborto|abortito]] e che probabilmente gli squali balena sianofossero ovovivipari<ref>{{Cita | L.J.V. Compagno | pag. 211 | FAO}}</ref>. La conferma giunse nel [[1996]], quando all'interno del corpo di uno squalo balena cacciato a [[Taiwan]] furono ritrovati 300 embrioni, alcuni all'interno della borsa delle sirene, altri no<ref>{{Cita pubblicazione|autore=Joung Shoou-Jeng|coautori=''et al''|titolo=The whale shark, Rhincodon typus, is a livebearer: 300 embryos found in one ‘megamamma’ supreme|rivista=Environmental Biology of Fishes|volume=46|numero=3|anno=1996|id={{ISSN|0378-1909}}
|doi=10.1007/BF00004997}}</ref>. In genere le femmine ovovivipare partoriscono in luoghi protetti, come baie, foci di fiumi e anfratti poco profondi. Questi luoghi sono scelti per fornire protezione dai predatori (principalmente altri squali) e per l'abbondanza di cibo.
 
==== Partenogenesi (riproduzione asessuata) ====