Nell'aprile del [[2006]] è iniziato il processo per la sua morte, che vede, per ora, come unico imputato [[Totò Riina]].
Il 20 settembre 2007 a [[Conflenti]], in Calabria, viene riesumata una salma - la cui sepoltura risale al 1971 - che si pensava possapotesse essere quella di De Mauro <ref> [http://www.la7.it/news/dettaglio_news.asp?id_news=47570&cat=cronaca Fonte: La7 del 20.09.2007, "Riesumato cadavere in Calabria: ipotesi giornalista De Mauro"] </ref> <ref> [http://www.repubblica.it/2007/09/sezioni/cronaca/mauro-de-mauro/mauro-de-mauro/mauro-de-mauro.html Fonte: La Repubblica del 20.09.2007, "Cadavere riesumato potrebbe essere Mauro De Mauro"]</ref> <ref> [http://www.repubblica.it/2007/09/sezioni/cronaca/mauro-de-mauro/giallo-riesumazione/giallo-riesumazione.html Fonte: La Repubblica del 23.09.2007, "È possibile che siano proprio i resti del giornalista scomparso 37 anni fa"] </ref> <ref>[http://www.repubblica.it/2007/12/sezioni/cronaca/mauro-de-mauro-indagine/dna-resti/dna-resti.html Fonte: La Repubblica del 30.01.2008, "Quei resti non sono del boss: si riapre il caso De Mauro"]</ref>. Ma nel marzo 2008 l'esame del DNA ha smentito l'ipotesi<ref>[http://www.repubblica.it/news/ired/ultimora/cronaca/rep_cronaca_n_2981458.html Fonte: La Repubblica del 12.03.2008, "De Mauro: non è sua la salma sepolta nel catanzarese"]</ref>.
Secondo le affermazioni del pentito [[ Francesco Marino Mannoia]] il corpo di De Mauro sarebbe stato sciolto nell'acido<ref>[http://ricerca.repubblica.it/repubblica/archivio/repubblica/2006/10/12/de-mauro-la-verita-di-mannoia-sciolsi.html De Mauro, la verità di Mannoia 'Sciolsi il suo corpo nell'acido'], [[La Repubblica]], 12 ottobre 2006</ref>.
