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Il suo compagno di squadra fu Senna, che inizialmente non doveva partecipare, ma decise poi di prendere parte al mondiale, firmando inizialmente accordi per le singole gare, poi per il resto della stagione. I test iniziali con la nuova vettura manifestarono qualche problema di elettronica, e Michael decise di rientrare negli Stati Uniti, dove avrebbe mantenuto la sua residenza, viaggiando di volta in volta nei paesi dove si sarebbero disputate le gare.
In [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_del_Sud_Africa|Sudafrica]] una qualifica non brillante venne seguita da problemi in partenza e da un ritiro dopo pochi giri. In [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_del_Brasile|Brasile]] venne coinvolto in un incidente con [[Gerhard Berger|Berger]] alla partenza, volando in aria all'esterno della prima curva, ed anche a [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_d.27Europa|Donington]] non superò il primo giro, uscendo di pista sul bagnato. A [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_di_San_Marino|Imola]] ebbe un incidente in qualifica, imitato dal compagno di squadra pochi minuti dopo, ed in gara lottò con [[Karl Wendlinger|Wendlinger]], per poi uscire di pista per problemi al bilanciamento dei freni.
In [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_di_Spagna|Spagna]] ottenne finalmente i primi punti, con un quinto posto, ma a [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_di_Monaco|Monaco]] una pessima partenza lo fece finire nelle retrovie. Costretto ad una sosta per la sostituzione del musetto e doppiato, finì poco fuori dai punti. A questo punto della stagione c'erano molti dubbi sul suo rendimento, soprattutto perché il confronto veniva fatto con Senna, vincitore di tre Gran Premi. In [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_del_Canada|Canada]] problemi di elettronica in qualifica ed in gara impedirono un risultato positivo, ma in [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_di_Francia|Francia]] ottenne un altro punto con un sesto posto.
A [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_di_Gran_Bretagna|Silverstone]], finì nuovamente fuori alla prima curva, ed anche in [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_di_Germania|Germania]] dopo pochi giri un contatto con Berger lo costrinse al ritiro. In [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_d.27Ungheria|Ungheria]] Michael pareva finalmente in grado di ottenere un buon risultato, ma un guasto al controllo elettronico dell'acceleratore lo mise di nuovo fuori gara.
La mancanza di risultati portò la McLaren a non rinnovargli il contratto per il [[Campionato Mondiale di Formula 1 1994|1994]], mentre a [[Mika Hakkinen|Hakkinen]] venne garantita la possibilità di correre tre gare come titolare. Senna aveva confermato di voler terminare la stagione, quindi ad Andretti rimasero solo due gare da disputare, in Belgio ed in Italia. La [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_del_Belgio|prima gara]] non fu diversa dalle altre, con problemi elettronici e di adattamento alla pista, con un risultato finale fuori dai punti. I primi giri a [[Formula_1_stagione_1993Campionato Mondiale di Formula 1 1993#Gran_Premio_d.27Italia|Monza]] parevano confermare questo stato di cose, con una sosta dopo un testacoda, e la ripartenza al 20° posto, doppiato. Il ritmo fu però ottimo, e grazie anche ad alcuni ritiri davanti a lui, riuscì ad ottenere il terzo posto, il migliore risultato della sua carriera in Formula 1.
===Il ritorno alla CART===
! [[Ford]] [[Motore V8|V8]]
! {{Goodyear}}
|bgcolor="#EFCFFF"| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio del Sud Africa|SAF]]<br /><small>Rit</small>
|bgcolor="#EFCFFF"| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio del Brasile|BRA]]<br /><small>Rit</small>
|bgcolor="#EFCFFF"| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio d'Europa|EUR]]<br /><small>Rit</small>
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|bgcolor="#EFCFFF"| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio di Gran Bretagna|GBR]]<br /><small>Rit</small>
|bgcolor="#EFCFFF"| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio di Germania|GER]]<br /><small>Rit</small>
|bgcolor="#EFCFFF"| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio d'Ungheria|UNG]]<br /><small>Rit</small>
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| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio di Portogallo|POR]]<br /><small></small>
| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio del Giappone|GIA]]<br /><small></small>
| [[Campionato Mondiale di Formula 1 stagione 1993#Gran Premio d'Australia|AUS]]<br /><small></small>
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