Con il fallimento della gran parte delle capitanerie e le incursioni dei [[francia|francesi]] presso la costa, il governo di Giovanni III decise di inviare un numero consistente di truppe in sud americaSudamerica per iniziare una un'opera di colonizzazione massiccia. Nel [[1549]], una flotta condotta da [[Tomé de Sousa]] partì per il sudamerica, stabilendo un governo centrale nella colonia. Tomé de Sousa, primo governatore generale della colonia, portò istruzioni dettagliate riguardo all'amministrazione della colonia per favorirne lo sviluppo. La sua prima azione importante riguardò la fondazione della capitale, [[Salvador (Brasile)|Salvador]], nel nord-est. La città venne costruita presso una baia e venne divisa in due parti, una parte alta amministrativa e una bassa commerciale con un porto. Tomé de Sousa visitò le capitanerie per riparare i villaggi e riorganizzare le economie. Nel [[1551]] la colonia diventò una [[diocesi]] con sede a Salvador.
[[File:Pelourinho1-CCBY.jpg|thumb|right|250px|Centro storico di [[Salvador (Brasile)|Salvador]].]]
