Figlio di [[Carlo Fontana|Carlo]], fu allievo e collaboratore del padre. Una delle prime opere fu la ''Cappella di San Gesualdo'' nella Cattedrale di [[Velletri]], edificata tra il [[1694]] e il [[1698]] su commissione del cardinale [[Alderano Cibo]]. L'opera risente ancora degli influssi paterni. Abile ingegnere idraulico, nel [[1695]], divenne prefetto dell'[[Acquedotti di Roma#Acqua Felice|Acqua Felice]] e pubblicò, dopo un' anno, la ''Relazione sullo stato vecchio e nuovo della Acqua Felice''. Nel [[1696]], su commissione dell'Ospizio Apostolico, trasformò il cosìdetto [[Tempio di Nettuno]] in dogana. Tra il [[1696]] e il [[1699]], su commisiione del cardinale [[Bandino Panciatichi]], progettò il rifacimento del [[Palazzo Panciatichi]] a [[Firenze]]. Dal [[1697]] al [[1701]] lavorò nel transetto della [[Chiesa di San Salvatore in Lauro]], senza pote completare l'intervento seguendo il progetto di [[Ottaviano Mascherino]]. Contemporaneamente ebbe la commissione dai benedettini di eseguire un progetto per l'[[Abbazia di Fulda]], il progetto vincitore poi fu quello dell'architetto tedesco [[Johann Dientzenhofer]]; la planimetria della chiesa del Fontana era simile a quella della [[Basilica dei Santi XII Apostoli]] di [[Roma]]. Tra il [[1701]] e il [[1705]] fu operativo a [[Ravenna]] nella progettazione della [[Chiesa di Santa Maria del Suffragio (Ravenna)|Chiesa di Santa Maria del Suffragio]]. Nel [[1705]] progettò la volta ribassata della [[Basilica di San Pietro in Vincoli]]. Nel frattempo si occupò del rifacimento della [[Chiesa di Santa Maria della Neve al Colosseo]], dove peraltro realizzò la facciata in stile [[Francesco Borromini|borrominiano]]. Partecipò alla fondazione del Museo dei modelli della [[Fabbrica di San Pietro]], egli restaurò anche il modello ligneo del progetto di [[Giuliano da Sangallo]] e della Cupola di [[Michelangelo]]. Lavorò al [[Cortile del Belvedere]] e al ''Giardino segreto'', e come il padre fu accolto all'[[Accademia di San Luca]]. Francesco morì prematuramente nella sua abitazione di [[Castelgandolfo]] nel [[1708]] e suo figlio [[Mauro Fontana|Mauro]] continuò la tradizione familiare che si estinse proprio con quest'ultimo perché non ebbe figli.
