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La relazione tra i formati aperti e il software libero è spesso fonte di malintesi. Molte applicazioni di software proprietario fanno largo uso di formati aperti ed il software libero può a volte usare formati proprietari.
Ad esempio l'[[HTML]], il noto [[linguaggio di markup]] per il [[World Wide Web]], è alla base sia di browser proprietari come [[Internet Explorer]] di [[Microsoft]] sia di browser liberi come [[Mozilla Firefox]]. Viceversa [[OpenOffice.org]], una ''suite'' di programmi per l'automazione di ufficio sotto licenza [[GNU General Public License|GNU GPL]] (quindi software libero) può manipolare il formato proprietario ''[[.doc]]'' di [[Microsoft Word]] così come formati aperti come [[OpenDocument]] (standard UNI CEI ISO/IEC 26300).
Alcune aziende hanno inoltre pubblicato le specifiche dei loro formati rendendo possibile l'implementazione di lettori o scrittori per differenti piattaforme da parte di diversi fornitori: un esempio è il formato [[PDF]] di [[Adobe Systems|Adobe]], l'[[Rich text format|RTF]] di Microsoft, il [[AutoCAD DXF|dxf]] di [[Autodesk]] o [[ShockWave Flash]] di [[Macromedia]].
Alcuni formati proprietari sono tuttavia vincolati da specifiche restrizioni che possono proibirne l'implementazione in forma ''libera'' o ''open source'' (almeno per ciò che riguarda alcune forme di licenza comuni in questo ambito, come la [[GNU General Public License]]). Secondo alcune critiche questi formati costituiscono un deterrente alla [[concorrenza (informatica)|concorrenza]].
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