Il percorso è stato identico a quello delle edizioni del [[Giro di Lombardia 2008|2008]] e del [[Giro di Lombardia 2007|2007]]. La gara è partita da [[Varese]] ed è arrivata a [[Como]], per una lunghezza totale di 242 [[kilometro|km]]. La partenza è avvenuta alle 11:00 dalla ''Città Giardino'', sede del [[CampionatoCampionati del mondo di ciclismo su strada 2008|Campionato del mondo su strada del 2008]]. Dopo aver attraversato [[Malnate]], la corsa si è snodata interamente nei territori nel comasco e nel lecchese. Giunti a [[Como]] si è seguita la costa del [[Lago di Como|Lago]] sul lato occidentale. Attraverso la [[Val d'Intelvi]] si è scesi verso il [[Lago di Lugano]], quindi [[Menaggio]], [[Sorico]] (luogo del rifornimento) giungendo poi a [[Bellano]], sulla sponda orientale del lago. Da qui si è saliti verso [[Taceno]], e attraversando la [[Valsassina]] si è arrivati a [[Lecco]] passando per le asperità del [[Ballabio|Colle di Balisio]]. Dal capoluogo si è risalito il braccio destro del lago da [[Valmadrera]] verso [[Bellagio]], per poi affrontare la salita del [[Santuario della Madonna del Ghisallo]] (511 m), le ascese verso Civiglio e [[San Fermo della Battaglia]], prima di tornare sul traguardo a Como sul Lungo Lario Trento.<ref>{{cita web|editore=Gazzetta.it|url=http://www.gazzetta.it/grandeciclismo/ILombardia/info_generali_planimetria.shtml|titolo=Planimetria Generale|accesso=13-10-2009}}</ref>
