Lo ''screening virtuale'' basato sulla similarità<ref name="SMSD09">S. A. Rahman, M. Bashton, G. L. Holliday, R. Schrader and J. M. Thornton, Small Molecule Subgraph Detector (SMSD) toolkit, Journal of Cheminformatics 2009, 1:12. DOI:10.1186/1758-2946-1-12</ref> (una specie di ''screening'' virtuale basato sul legante) assume che tutti i composti in una base dati che siano simili a un composto oggetto di un'interrogazione abbiano un'attività biologica simile. Sebbene quest'ipotesi non sia sempre valida<ref name="kubinyi_1998">{{Cita pubblicazione | doi = 10.1023/A:1027221424359 | autore = H. Kubinyi | titolo = Similarity and Dissimilarity: A Medicinal Chemist’s View | rivista = Persp. Drug Discov. Design | anno = 1998 | volume = 9-11 | pagine = 225–252}}</ref>, abbastanza spesso la serie di composti recuperati si arricchisce notevolmente di principi attivi<ref = "martin_2002">{{Cita pubblicazione | doi = 10.1021/jm020155c | autore = Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen | titolo = Do structurally similar molecules have similar biological activity? | rivista = J. Med. Chem. | volume = 45 | numero = 19 | pagine = 4350–4358 | pmid id=PMID 12213076 | anno = 2002}}</ref>. Per raggiungere un'alta efficacia dello screening basato sulla similarità, nel caso di basi dati contenenti milioni di composti, le strutture molecolari sono di solito rappresentate da ''schermi molecolari'' (chiavi strutturali) o da "impronte digitali molecolari" di dimensioni fisse o variabili. Gli schermi e le impronte digitali molecolari possono contenere sia informazioni 2D che 3D. Tuttavia, le impronte digitali 2D, che sono un tipo di descrittori di frammenti binari, dominano in quest'area. Le chiavi strutturali basate su frammenti, come le chiavi MDL<ref name="durant_2002">{{Cita pubblicazione | autore = J. L. Durant, B. A. Leland, D. R. Henry, J. G. Nourse | titolo = Reoptimization of MDL Keys for Use in Drug Discovery | rivista = J. Chem. Inf. Comput. Sci. | anno = 2002 | volume = 42 | numero = 6 | pagine = 1273–1280 | pmid id=PMID 12444722}}</ref>, sono sufficientemente buone per gestire basi dati chimiche di piccole e medie dimensioni, mentre il trattamento di grandi basi dati è effettuato con le impronte digitali che hanno una densità di informazioni molto superiori. Le impronte digitali Daylight, basate sui frammenti<ref name="daylight">{{Cita web | titolo = Daylight Chemical Information Systems Inc. | url = http://www.daylight.com}}</ref>, BCI<ref name="bci">{{Cita web | titolo = Barnard Chemical Information Ltd. | url = http://www.bci.gb.com/}}</ref>, e le impronte digitali UNITY 2D (Tripos<ref name="tripos">{{Cita web | titolo = Tripos Inc. | url = http://www.tripos.com}}</ref>) sono gli esempi più noti. La misura di similarità più popolare per confrontare le strutture chimiche rappresentate per mezzo di impronte digitali è il [[Indice di Jaccard|coefficiente ''T'' di Tanimoto (o di Jaccard)]]. Due strutture sono di solito considerate simili se <math>T > 0,85</math> (per le impronte digitali Daylight).
