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Dalla seconda metà del secolo XVIII al determinismo è stato opposto l’indeterminismo nell’àmbito della polemica tra filosofi della scienza da un lato e filosofi della coscienza dall’altro. Kant tentò una sintesi confermando la validità del principio di causalità nel campo della fisica ma affermando il criterio della libertà in riferimento alla morale.
 
{{Quote|Personalmente ritengo che la dottrina dell'indeterminismo sia vera e che il determinismo sia privo di qualsiasi fondamento <ref>Karl R. Popper, ''Nuvole e orologi: il determinismo, la libertà e la razionalità'', Armando Editore, 2005, p.7</ref>}}
Nella scienza il determinismo è entrato in crisi con la meccanica quantistica che sostiene che nella teoria deterministica le condizioni iniziali da essa ipotizzate non si possono realizzare, poiché non è possibile definire in modo univoco in ogni istante lo stato del sistema fisico, ovvero le posizioni e i momenti assoluti dei punti materiali che lo costituiscono.
 
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