Nipote di [[Jakob Andreae]], fu teorico evangelico: in un ''Rei publicae christiapolitanae descriptio'' teorizzò la messa in pratica del sacro vangelo.
Nel 1605 ottenne il titolo di Magister all'università di Tubinga, ma non riuscì a trovare un impiego universitario e si spostò come precettore in Baviera. DaA àparrtire viaggiodal introno1610 al 1610fu in Francia, spagnaSpagna, Italia settentrionale e, nel 1611, arrivò in Svizzera, dove fu molto colpito dal rigorismo del [[Calvinismo]].
Nel 1614 fu nominato diacono a Vaihingen, nel Wuerttemberg. Nel 1620 fu posto a capo dell'abbazia protestante di Calw. Protetto per molto tempo dal principe Augusto di Brunswick, ne ebbe la nomina a capo dell'abbazia di Adelberg, pochi mesi prima della morte, avvenuta proprio ad Adelberg il 24 giugno 1654.
Secondo l'attendibile ricostruzione di Paul Arnold, scrisse insieme ad altri amici la "[[Fama fraternitatis Rosae Crucis]]", coll'intento di indicare ai Luterani una via di perfezionamento religioso che mutuava molti contenuti dai mistici fiamminghi del XIV secolo, non ultimo [[Tommaso de Kempis]]. Per disgrazia del gruppo il testo venne preso alla lettera e interpretato secondo una chiave alchemica del tutto diversa da quella mistica che era stata nelle intenzioni dei redattori. Ne nacque una gran confusione, a cui Johann Valentin tentò di metter fine scrivendo ''[[Le nozze chimiche di Christian Rosenkreutz]]'', terzo dei "manifesti" resi pubblici dalla misteriosa [[Rosa Croce|Confraternita dei Rosa Croce]], in cui cercava di chiarire una volta per tutte che la confraternita non era mai esistita e che si trattava solo di una sorta di incitamento ai cristiani riformati a migliorarsi mediante la penitenza e la contemplazione. L'aver adoperato ancora una volta dei termini poco chiari non giovò a nulla e la Confraternita cadde nell'oblìo dopo due anni di fama e un altro paio d'anni di polemiche.
A partire dal 1620 Johann Valentin riprese i tentativi di miglioramento dei cristiani riformati organizzando delle Unioni Cristiane, ma senza ottenere risultati permanenti.
