Nel [[2001]] passa al [[Panathinaikos]], qui trova giocatori come [[Angelos Basinas]], [[GiorgiosGiorgos Karagounis]], [[Antonis Nikopolidis]] e [[Kostas Chalkias]]. Con la squadra ateniese, in 3 stagioni colleziona 77 presenze senza [[gol]] e conquista un [[campionato di calcio greco|campionato greco]] e una [[Coppa di Grecia]]. Viene eletto [[Calciatore greco dell'anno|Miglior giovane del campionato greco]] nel 2001. Da ricordare un gol a [[Fabien Barthez]] in occasione del match contro il [[Manchester United Football Club|Manchester United]] in Champions League allo [[Stadio Olimpico di Atene]]. Poco prima dell'inizio dell'Europeo 2004 in Portogallo, il Panathinaikos e il [[Futebol Clube do Porto|Porto]] si accordano per il passaggio di Seitaridis. In seguito alla conquista dell'Europeo 2004 dalla Grecia, il [[Real Madrid]] mostra un forte interesse per il giocatore, ma il Panathinaikos per infrangere l'accordo con il [[Futebol Clube do Porto|Porto]] chiede una cifra molto alta.
