Nel mese di settembre [[1794]] fu designato ad assumere il comando di Brest; ma essendo stato denunciato perin labase alla ''[[legge dei sospetti]]'' venne recluso a [[parigiParigi]]na nella ''Prison de la Force'', dove rimase fino al [[Colpo di Stato del 9 termidoro|9 termidoro]] (27 luglio [[1794]], giorno del colpo di mano contro [[Robespierre]]). Latouche-Tréville venne reintegrato ufficialmente nella gerarchia, ma non ricevette alcun comando. Si impegnò allora a curare le attività agricole dei suoi possedimenti, ma con pessimi risultati. La sua richiesta di sostituire [[Louis Thomas Villaret de Joyeuse|Villaret]] nel comando della squadra prescelta per trasportare le truppe in [[Irlanda]], fu dapprima accettata, ma poi respinta da [[Laurent Truguet|Truguet]], divenuto nel frattempo ministro della Marina, con la motivazione dei presunti legami di Latouche-Tréville con gli [[Borbone-Orléans|Orléans]]. La richiesta verrà ignorata anche dai successivi ministri ([[Georges-René Pléville Le Pelley|Pléville le Pelley]] e [[Étienne Eustache Bruix|Bruix]]). Ci vorrà il [[Consolato (Francia)|Consolato]] perché finalmente gli fosse affidato un nuovo comando: la flotta di Brest (nel [[1800]]) e, pochi mesi dopo, la flotta di [[Boulogne]] ([[1801]]).
