Altre opere di Filopono sono ricordate dalla ''[[Biblioteca (Fozio)|''Biblioteca'']]'' di [[Fozio di Costantinopoli|Fozio]]. Tra queste la ''Resurrezione'', nella quale rifiuta la teoria della Resurrezione dei corpi; il ''Contro il Quarto Concilio Ecumenico'', nel quale prende apertamente posizioni anticalcedoniane, in conformità all'indirizzo Copto Egiziano. In questo testo arriva ad accusare le tesi Calcedoniane di Nestorianesimo. Per questo Filopono ricevette l'intimazione da parte di Giustiniano di recarsi a Costantinopoli a giustificare le sue tesi eretiche. Il filosofo si giustificò di non potersi mettere in viaggioper la tarda età e per motivi di salute; il patriarca costantinopolitano Giovanni Scolastico lo condannò a distanza. In risposta Filopono compone nel 568 un pungente testo di confutazione del trinitarismo di [[Giovanni Scolastico]].
Di Filopono è in ultimo un trattato contro il ''Delle Statue'', di [[Giamblico]], nel quale attacca l'idolatria iconodula.
