Emanuele Pacifici nasce a Roma in un'antica famiglia sefardita di origine spagnola e di tradizione rabbinica stabilitasi in Toscana, dapprima a Livorno e successivamente a Firenze, nel XVI secolo, dal rabbino [[Riccardo Pacifici]] e da Wanda Abenaim. Poco dopo la nascita di Emanuele, la famiglia si trasferisce a [[Rodi]] (allora territorio italiano) dopo il padre è Gran Rabbino e direttore del Collegio rabbinico della locale comunità ebraica. Nel 1935 la famiglia ritorna in Italia, essendo il padre nominato Rabbino Capo di Genova. Nel 1938 nasce il fratello Raffaele.<ref>[http://digitalassets.ushmm.org/photoarchives/detail.aspx?id=1144012 United States Holocaust Memorial Museum]</ref>
A causa delle [[leggi razzialirazziste fasciste]] del 1938 Emanuele è costretto ad interrompere precocemente gli studi nella scuola pubblica. Nel [[1940]] è mandato a studiare in un collegio ebraico a Torino e quindi a [[Casale Monferrato]], mentre i genitori vivevano a [[Genova]]. Dopo l'8 settembre 1943 i sedici studenti del collegio (tutti bambini dai 7 ai 15 anni) furono nascosti per qualche giorno in casa da una famiglia cattolica finché genitori o parenti non poterono venire a riprenderli.<ref>Bruno Maida, ''La Shoah dei bambini'' (Torino: Einaudi, 2013), pp.187-188.</ref> Emanuele raggiunse la madre e il fratellino, nel frattempo rifugiatisi a [[Calci]] (Pisa) con l'aiuto della [[DELASEM]] e del Card. di Genova [[Pietro Boetto]], mentre il padre non volle abbandonare la comunità a Genova. Dopo l'arresto del padre il 4 novembre 1943, il segretario del Card. Boetto, don [[Francesco Repetto]], avvertì personalmente la famiglia Pacifici di trasferirsi in luogo più sicuro a [[Firenze]], dove il Card. [[Elia Dalla Costa]] li affidò alle cure di don [[Leto Casini]]. La madre e la nonna trovarono ospitalità nel convento delle Francescane Missionarie di Maria in Piazza del Carmine, mentre i due figli furono sistemati tra i bambini del collegio delle suore di Santa Marta a [[Settignano]]. Un delatore rivelò la presenza di ebrei nel Convento del Carmine e così Emanuele e Raffaele persero dopo il padre anche la madre, entrambi deportati e uccisi nelle camere a gas ad [[Auschwitz]] insieme a molte altre persone appartenenti alla famiglia Pacifici. I due fratelli rimasero nascosti nel convento a [[Settignano]] fino alla Liberazione di Firenze, il 4 agosto 1944, quando un soldato della [[Brigata ebraica]] aggregata in Italia all'Ottava Armata, Eliau Lubinski, incontrò i ragazzi e li portò ai loro nonni e zii a [[Roma]].<ref>[http://digitalassets.ushmm.org/photoarchives/detail.aspx?id=1144012 United States Holocaust Memorial Museum]</ref>
Stabilitosi a Roma, nel dopoguerra Emanuele Pacifici è stato autore e curatore di numerose opere dedicate alla conservazione del patrimonio orale della tradizione religiosa e culturale ebraica italiana.
