Agli inizi degli anni Settanta è protagonista di un caso emblematico. Per l'insegnamento della filosofia del diritto scrive il libro di testo ''Gli osservanti'', un'analisi del come nascano i sisteminascasistemi penali, libro rispettoso della sensibilità religiosa ma anche fedele a verità storiche. Nel 1970, il testo viene accusato di eterodossia: ''... quel libro cala una sonda nel sottosuolo del comportamento normativo, dai rituali nevrotici ai rendiconti post mortem... Molte formule tramandate non ci fanno bella figura...'' (dalla "Lettera" di Monsignor [[Carlo Colombo]]). L'Università Cattolica decide di escluderlo dall'insegnamento <ref>[http://archiviostorico.unita.it/cgi-bin/highlightPdf.cgi?t=ebook&file=/archivio/uni_1970_02/19700216_0003.pdf&query=franco%20cordero « Il ricercatore contestato », L'Unità, 16 febbraio 1970]</ref>. Profondamente amareggiato, Cordero riepiloga la vicenda in un pamphlet: ''Risposta a monsignore''. Si rivolge anche alla giustizia amministrativa, la quale a sua volta investe la [[Corte costituzionale della Repubblica Italiana|Corte Costituzionale]] di una questione di legittimità. Con la sentenza 195/72, la Consulta si pronuncerà per la non fondatezza della questione di legittimità<ref name="sentenza"> [http://www.giurcost.org/decisioni/1972/0195s-72.html Sentenza 195/1972 della Corte Costituzionale]</ref>.
