Appartenente a una famiglia di povere condizioni compie i suoi studi preso il [[seminario]] di [[Beauvais]] dove poi sarà insegnante di materie umanistiche. Ordinato prete nel 1676 viene nominato [[curato]] di [[Lardières]], poi [[canonico]] di [[Beaumont-les-Nonains]].
Insoddisfatto della vita di questaprovincia vita si trasferisce a Parigi pressocome lbibliotecario nella casa dell'avvocato generale e uomo politico Chrétien François I de Lamoignon come bibliotecario. Lettore accanito acquista un vasto sapere costruendo il catalogo ragionato della biblioteca in 32 volumi. In questo periodo scriverà delle opere a contenuto erudito soprattutto di storia e religione.
Il suo ''Jugement des savants'' suscita qualche remora perché viene giudicato troppo favorevole alle tesi [[giansenismo|gianseniste]]. La polemica con i Bollandistes[[Bollandisti]] acquista toni pesanti quando Baillet mette in dubbio i [[dogma|dogmi]] (non ancora proclamati dal Papa dell'epoca) relativi all'[[Immacolata concezione]] e dell'[[Assunzione]] in una sua opera intitolata ''Dévotion à la Vierge'' che viene subito messa all'[[Indice dei libri proibiti]]. Lo stesso accadrà per la gran parte delle sue ''Vite dei santi'' dove eliminando tutti quei miracoli che gli sembrano inverosimili egli si avvicina pericolosamente alle tesi dei riformisti.
Indebolito dagli studi eccessivi, per la salute malferma e per l'austerità di vita, muore prematuramente nel 1740.
