Rock Lee viene reclutato nella Terza Divisione, comandata da [[Kakashi Hatake|Kakashi]]. Combatte contro alcuni Zetsu bianchi sconfiggendoli assieme ai suoi compagni, dopo di che in un momento critico arriverà a dare manforte col resto dell'allenzaalleanza ninja a Gai, Kakashi, Killer Bee e Naruto. Successivamente Neji perderà la vita di fronte a Lee che ne uscirà distrutto e piangerà amare lacrime per il suo compagno e caro amico. Da li in poi Naruto utilizzerà una strategia che prevede di donare il chakra del nove code ai suoi compagni. Forte di questo chakra Rock Lee si lancerà contro Madara Uchiha, tagliando il corpo del nemico in due con un calcio potentissimo tanto è che lo stesso Madara mostrerà segni di stupore per ciò che è avvenuto. Lee in seguito sostiene Gai durante lo scontro con Madara (mostrando di saper aprire la sesta porta) e insieme a molti altri ninja viene soggiogato dallo Tsukuyomi Infinito.
