Originariamente DS9 era diin possesso degli occupanti [[Cardassiani]], e fungeva da miniera e raffineria, si trovava nell'orbita di [[Bajor]] e si chiamava ''Terok Nor''; fu costruita dagli schiavi bajoriani, controllati dai Cardassiani, nel 2351. La stazione era comandata dal [[Gul Dukat]], l'ultimo prefetto cardassiano di Bajor. La stazione fu abbandonata alla fine dell'occupazione di Bajor, quando i Cardassiani vennero cacciati dai gruppi della [[Resistenza bajoriana]] nel 2369;, portandosi dietro ogni oggetto di valore fu rimosso durante la loro fuga.
Nel 2369 i bajoriani assunsero il controllo della stazione,; il governo provvisorio bajoriano richiedette l'appoggio della [[Federazione Unita dei Pianeti]], che rinominòribattezzò la stazione ''Deep Space Nine'' (letteralmente "Spazio profondo nove") e nominò [[Benjamin Sisko]] al suo comando. Nonostante la presenza della Federazione, la stazione rimase sottosoggetta laalla leggegiurisdizione bajoriana. Poco dopo che Sisko preseaveva preso il comando, il suo equipaggio scoprì il [[Wormhole|tunnel spaziale]] bajoriano eche lacomunica stazionecon un altro quadrante della galassia. Deep Space Nine fu quindi spostata all'imboccatureimboccatura didel quest'ultimotunnel per poterlo controllare, dopodiché la stazione assunse una grande importanza commerciale, scientifica e strategica.
Dopo l'incontro con il [[Dominio (Star Trek)|Dominio]] nel 2371, la stazione fu pesantemente armata con 5000 [[Siluro (Star Trek)|siluri fotonici]], moltinumerosi banchi [[Phaser (Star Trek)|phaser]] e [[Scudo deflettore (Star Trek)|scudi deflettori]] estesi fino a 300 metri dalla stazione. Questi nuovi equipaggiamenti furono usatiinizialmente primausati contro i [[Klingon]] durante la loro offensiva contro [[Cardassia Primo]] all'inizio del 2372. All'inizio della [[Guerra del Dominio]] (fine 2373) la stazione fu temporaneamente conquistata dal Dominio; le forze combinate federali e klingon la riconquistarono all'inizio del 2374, dopo la [[battaglia di Bajor]]. Alla fine della Guerra del Dominio, il neo- promosso colonnello [[Kira Nerys]] della Milizia bajoriana presene ha assunto il comando.
