=== Il nuovo millennio: la fusione con il Cappiano ===
Il nuovo millennio vede la Cuoiopelli tornare in Eccellenza in seguito al secondo posto nel campionato di Promozione e dopo questo trionfo la società non intende fermarsi. Per la stagione 2001/02 viene allestita una formazione in grado di lottare per il salto in serie D con Maurizio Hemmy in panchina. Le cose però vanno male e solo dopo l'avvicendamento alla guida tecnica, con l'arrivo di Andrea Del Monte, i biancorossi riescono a salvare la categoria. Nell'estate 2002 cominciano a farsi largo le prime voci di una fusione con il Cappiano ma la dirigenza va avanti per la sua strada all'insegna del ridimensionamento con Antonio Cernicchiaro direttore sportivo e Roberto Fagiolini allenatore. Tuttavia nell'estate del 2003 la fusione si concretizza nonostante l'{{citazione necessaria|opposizione dello stesso presidente Baldi}}.
LaTuttavia "Cuoiopellinell'estate Cappianodel Romaiano"2003 nascela cosìfusione ufficialmentesi nelconcretizza lugliononostante dell'{{citazione [[2003]]necessaria|opposizione condello presidentistesso Paolopresidente CatastiniBaldi}}: la Cuoiopelli e Carloil BattiniCappiano, con quest'ultimo che ritornaha nelappena mondovinto delmeritatamente calcioil dopotorneo oltredi vent'anniserie D, percosì affrontaredecidono ildi campionatounire dile loro forze. La [[SerieCuoiopelli C2Cappiano Romaiano]] doponasce checosì ilufficialmente Cappianonel haluglio vintodel meritatamente[[2003]] per affrontare il torneocampionato di serie[[Serie D.C2]], Lacon Cuoiopellipresidenti Paolo Catastini e ilCarlo [[PonteBattini, acon Cappianoquest'ultimo F.C.|Cappiano]]che cosìritorna decidononel dimondo uniredel lacalcio forzadopo maoltre lavent'anni. La loro non sarà, almeno nei primi anni, una convivenza facile. Tuttavia sul campo le soddisfazioni non mancano. I primi tre anni con in panchina prima [[Oliviero Di Stefano]] e poi [[Alessandro Pane]] (due stagioni) vedono i biancorossoazzurri (questi i nuovi colori societari) sfiorare i play-off. L'ingresso in società, nell'estate 2006, del costruttore di origine campana Michele Videtta, rafforza la compagine sociale della Cuoiopelli Cappiano, che per la stagione 2006/07 allestisce una squadra in grado di puntare alle zone alte della classifica. Arriva l'ex viola [[Giacomo Banchelli]] e poi Stefani, il portiere Pardini e il difensore Macelloni. In panchina torna Di Stefano ma è un ritorno amaro. A novembre la situazione sembra già compromessa e in panchina arriva Agostino Iacobelli. Il tecnico campano rimarrà due stagioni e mezzo nel comprensorio del Cuoio conquistando tre salvezze con squadre molto giovani. Alle vicende sportive si accompagna una vicenda societaria turbolenta, dove le diverse anime presenti all'interno della dirigenza faticano a trovare un equilibrio. La tensione, da latente, diventa evidente durante la stagione 2008/09.
La svolta nel dicembre 2008, quando per la prima volta dalla fusione (2003) la Cuoiopelli Cappiano R. ha un presidente unico: è Carlo Battini.
