Gli [[Skylanders]], guidati da Padron Eon, loro mentore, erano i protettori delle Skylands, venerati e rispettati da tutti. Un giorno Kaos, con lail suasuo HydraHydrago (un ibrido hydra/drago con quattro teste, ognuna dotata di un elementopotere elementale diverso: Fuoco, Acqua, Vita e Undead), distrusse il Cuore di Luce, (il sistema di protezione magico delle Skylands, in grado di tenere lontane le Tenebre, creato secoli addietro dagli Antichi Benevolenti, (gli esseri che all'inizio dei tempi crearono le Skylands) in grado di tenere lontane le Tenebre, uccidendo Eon (che grazie allaai suoi suapoteri magiamagici continuò aad vivereesistere sotto forma di spirito) ed esiliando gli Skylanders sulla Terra.
Oggi, grazie alai poteri del nuovo Padrone dei Portali (il giocatore), gli Skylanders, attraverso il Portale del Potere, sono riusciti a ritornare nelle Skylands, e sta a loro, ricostruendo il Cuore di Luce, (che è lo scopo principale del gioco),riuscire a battere definitivamente Kaos, esiliandolo sulla Terra.
