Wikipedia

Splicing: differenze tra le versioni

Naviga nella cronologia in modo interattivo
← Differenza precedenteDifferenza successiva →
Contenuto cancellato Contenuto aggiunto
VisualeWikitesto
mNessun oggetto della modifica
m apostrofo tipografico
Riga 17:
 
== Autosplicing ==
Alcuni rari introni sono capaci di "autocatalisi", ovvero la parte intronica dell'RNA trascritto è un "ribozima" che catalizza la propria escissione, con meccanismo diverso a seconda che l’intronel'introne sia di I o di II gruppo. Lo splicing degli introni del '''gruppo I''' necessita di un [[nucleoside]] [[guanosina|guaninico]], usato come [[nucleofilo]]: il suo –OH in 3’3' si lega all’estremitàall'estremità 5’5' dell’intronedell'introne con un [[legame fosfodiesterico]] 3’3'-5’5' al primo nucleoside dell’intronedell'introne. L’L'[[ossidrile]] in 3’3' dell’esonedell'esone precedente agisce da nucleofilo completando la reazione e congiungendo i due esoni.
Per gli introni del '''gruppo II''', la reazione è simile, ma il primo nucleofilo ad agire non è un nucleoside esterno, bensì un –OH in 2’2' di un residuo adenilato all’internoall'interno dell’intronedell'introne.
Questo meccanismo, definito "autocatalitico" perché può avvenire anche in completa assenza di proteine, riguarda rari introni di alcuni geni degli organelli degli eucarioti (gruppo II), dei geni nucleari codificanti l'rRNA di qualche eucariote (gruppo I) e di qualche gene procariotico (entrambi i gruppi).
 
Riga 30:
Queste ultime classi sono riscontrabili solo negli [[eucarioti]].
 
==Riconoscimento dell’intronedell'introne==
Nel caso degli introni del terzo gruppo, nella stragrande maggioranza dei casi gli introni iniziano con la sequenza '''GU''' e terminano con la sequenza '''AG'''; queste sequenze sono riconosciute dalle macchine molecolari che devono [[catalizzatore|catalizzare]] la giuntatura, ovvero le snRNP. Tuttavia si è riscontrato che all’internoall'interno della sequenza intronica queste coppie possono ripetersi: quindi si è ipotizzato che gli spliceosomi riconoscano altre sequenze contigue. A questo riconoscimento partecipano numerose altre proteine accessorie che vanno sotto il nome generale di "RNA-binding proteins".
Un numero molto piccolo di introni della terza classe presenta, invece, sequenze alternative AT-AC. In questo caso, esistono varianti speciali delle snRNP, in grado di riconoscere i confini di questi introni.
 
==Splicing alternativo==
[[File:Esempio di splicing alternativo.jpg|thumb|upright=1.4|Esempio di splicing alternativo, con formazione di due diversi mRNA maturi]]
Questa ricorrenza (non straordinaria) di coppie GU e AG, segnala un’altraun'altra possibilità. Gli introni possono essere escissi in maniere diverse, è il caso dello '''splicing alternativo''' - cioè il processo attraverso il quale, mediante un diverso arrangiamento degli [[esoni]] (regioni di [[RNA]] codificanti), da uno stesso gene possono derivare diverse proteine, dette isoforme.
Recenti stime basate su dati di [[RNA-Seq]] affermano che il 90%, 60% e il 25% dei geni di [[Homo sapiens]], [[Drosophila melanogaster]] e [[Caenorhabditis elegans]] subiscono splicing alternativo<ref name=Kalsotra>{{Cita pubblicazione
|cognome = Kalsotra
Riga 52:
Da cosa dipende il riconoscimento di questi siti di splicing?
Una regione molto importante è quella che è situata tra il sito di ramificazione e il 3'dell'introne ad una distanza di 20-50 bp dall'estremità 3'. Questa regione è ricca in pirimidine ; il riconoscimento del sito di splicing al 3' dipende proprio dalla vicinanza di quest'ultimo al sito di pirimidine.
Per fare un esempio, ammettiamo di avere tre esoni (e1, e2, e3) intercalati da due introni (iI, iII), la cellula può decidere di eliminare iI e iII dando così vita al mRNA e1-e2-e3, oppure può eliminare iI e iII assieme all’esoneall'esone centrale e2, formando così l’mRNAl'mRNA e1-e3. Ciò porterà alla traduzione di due proteine diverse. Ad esempio: se l’mRNAl'mRNA e1-e2-e3 codifica un [[recettore di membrana]], dove e2 codifica la parte [[idrofobia|idrofobica]] del polipeptide transmembrana, l’mRNAl'mRNA e1-e3 codificherà una proteina simile alla prima ma incapace di fissarsi alla membrana. Se l’esonel'esone e3 contiene la sequenza che codifica la parte di proteina complementare ad un [[ormone]], entrambe le proteine lo legheranno ma la prima agirà da recettore, la seconda, libera nell’ambientenell'ambiente extracellulare, da [[inibitore]] ormonale (perché sottrarrà ai recettori l’ormonel'ormone), quindi in modi completamente opposti.
 
Lo splicing, alternativo e non, è regolato da proteine che riconoscono sequenze specifiche e possono trovarsi sia negli introni che negli esoni. Le sequenze che permettono il riconoscimento dei siti di splicing sono chiamate ''exonic'' o ''intronic splicing enhancers'' (ESE o ISE) a seconda della loro localizzazione su esoni o introni, mentre le sequenze che mascherano tali siti sono chiamate ''exonic'' o ''intronic splicing silencers'' (ESS o ISS). Nella maggior parte dei casi le sequenze enhancer sono riconosciute da proteine della famiglia SR, mentre le sequenze silencer vengono riconosciute da proteine hnRNP. Gli eventi di splicing alternativo sono dovuti alla differente capacità delle proteine di legare queste sequenze; questa capacità definisce anche la "forza" di riconoscimento di un sito di splicing. La selezione di un determinato sito di splicing (e quindi la possibilità di splicing alternativo) dipende non solo dalla presenza di ESE, ISE, ESS e ISS nella sequenza ma anche dalla disponibilità delle proteine che le legano.
Riga 60:
Il dominio RRM invece,sembra essere implicato nel riconoscimento di specifiche sequenze sull'mRNA che sono localizzate nell'esone.
 
Si conta che ogni gene umano dia vita, in media, a 4 proteine diverse. Questo meccanismo di '''saldatura alternativa''' spiega, in parte, perché negli organismi superiori non ci sia un rapporto lineare tra numero di geni e complessità dell’organismodell'organismo (=numero di proteine), che dipende anche dalla capacità di utilizzare più o meno diffusamente il meccanismo dello splicing alternativo.
 
Un meccanismo simile è implicato nell'espressione dei geni per le [[immunoglobuline]] dei [[linfociti]]. In tal modo è possibile produrre un'enorme varietà di [[anticorpi]].
Estratto da "https://it.wikipedia.org/wiki/Splicing"