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In occasione dell'invasione [[Francia|francese]] e della fine della Repubblica, si mostrò subito ostile al nuovo governo filo-francese, respingendone l'autorità e rifiutando gli ordini impartiti da esso, del che, poi, fu sollevato dall'incarico e si ritirò a [[Vienna]], dove venne accolto con tutti gli onori. Dopo il [[trattato di Campoformio]] e la cessione di Venezia all'[[Impero austriaco|Austria]], nel [[1798]] fece ritorno in patria, dove fu nominato comandante generale della neonata Marina Austro-Veneta ed ispettore generale dell'[[Arsenale di Venezia|Arsenale]], venendo immediatamente cooptato nel Consiglio Segreto dell'Impero (''Geheimer Rat'').
A causa della cattiva situazione finanziaria e politica, però, non si poté distinguere in tale nuovo prestigioso incarico, perché gli vennero rifiutate le risorse necessarie a riparare le poche vecchi navi non predate dai francesi e ad iniziare la costruzione di nuove. Inoltre, sorsero continui dissidi con il capitano Williams, un marinaio inglese che, fino al suo arrivo, aveva guidato la piccola ''Marina di [[Trieste]]'' per gli austriaci e che non era stato formalmente dimesso; i contrasti continuarono a sussistere anche dopo che il Williams venne subordinato al Querini. La disputa non terminò fino alla primavera del [[1799]], quando al primo fu dato il comando della flottiglia sul [[Lago di Costanza]], lasciando al secondo l’indisputatol'indisputato controllo della flotta costiera e d’alturad'altura<ref>L. Sondhaus, ''The Habsburg Empire and the Sea. Austrian Naval Policy, 1797 - 1866'', West Lafayette, Indiana, Purdue University Press, 1989, p. 5 ss</ref>.
Allo scoppio della [[Seconda coalizione|Guerra della Seconda Coalizione]] (1799), la flotta Austro-Veneta consisteva prevalentemente di legni minori per la protezione costiera; ciò nonostante, Vienna non riteneva necessario alcun rinforzo. Nella primavera del 1799 la piccola flottiglia austriaca entrò in azione con successo, cooperando coll’armatacoll'armata austriaca in combattimento a terra nell’nell'[[Italia Settentrionale|Italia settentrionale]] e, nei pressi delle [[Delta del Po|Bocche del Po]], riuscì a sconfiggere una piccola squadra francese. Nello stesso anno le navi austriache presero parte all’assedioall'assedio di [[Genova]], fino alla sua capitolazione il 24 giugno [[1800]].
Principale compito della Marina Austro-Veneta restava il pattugliamento dell’dell'[[Mare Adriatico|Adriatico]] ma, a causa della sua debolezza, non era in grado di fermare né i [[Corsari barbareschi|pirati barbareschi]], né i [[Corsaro|corsari]] francesi che attaccavano il naviglio mercantile dalla loro base di [[Ancona]]. Nell’autunnoNell'autunno del 1799 la situazione peggiorò ulteriormente, fino a quando una flottiglia austriaca guidata da [[Joseph L'Espine]] bloccò le forze francesi in Ancona, in cooperazione coi [[Russia|russi]]. La fanteria austriaca, con un successivo attacco da terra, obbligò la città a capitolare. 5 vascelli, altri legni minori e 17 mercantili caddero nelle mani degli attaccanti e, nella notte, con un colpo di mano L'Espine riuscì ad imprandonirsi di tutti i legni innalzando su di essi la bandiera austriaca; all’albaall'alba i Russi si trovarono di fronte al fatto compiuto, per cui ne nacque un incidente diplomatico che ricadde sulle spalle del Querini<ref>A.E. Sokol, ''The Imperial and Royal Austro-Hungarian Navy'', Annapolis, Maryland, United States Naval Institute, 1968, p. 18</ref>.
Alla fine della guerra l’Austrial'Austria era completamente inattiva sul mare. Secondo il [[trattato di Lunéville]], nel 1801, manteneva intatti i suoi possedimenti territoriali, ma in condizioni peggiori che nel 1797. Come conseguenza, Querini fu rimpiazzato proprio col conte de L’EspineL'Espine, che il 23 gennaio [[1802]] assunse il comando della flotta e la conduzione dell'Arsenale<ref>http://www.alterhistory.altervista.org/Italia/City/estrazionecity.php?inizio=1801&fine=1825&nomecampo=venezia&ante1000</ref>, con l'ordine di rimettere in servizio le navi veneziane e, soprattutto, il permesso di costruire una flotta di otto fregate, quattro brigantini, quattro scune e 40 lance cannoniere.
== Note ==
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