L'upupa viene tradizionalmente classificata nell'[[ordine (tassonomia)|ordine]] dei [[Coraciiformes|Coraciformi]], la famiglia degli [[Upupidae]] (che assieme alle upupe boscherecce della famiglia [[Phoeniculidae]] andava a formare un [[clade]] ben distinto<ref>{{Cita pubblicazione|cognome=Hackett|nome=Shannon J.|coautorietal=''et al.''s|anno=2008|titolo=A Phylogenomic Study of Birds Reveals Their Evolutionary History|rivista=Science|pmid=18583609|volume=320|numero=1763|paginepp=1763–1768| doi = 10.1126/science.1157704}}</ref>, in virtù di numerose analogie morfologiche (fra cui la peculiare forma delle [[staffa (anatomia)|staffe]]<ref>{{Cita pubblicazione|cognome= Feduccia| nome=Alan|anno=1975|titolo= The Bony Stapes in the Upupidae and Phoeniculidae: Evidence for Common Ancestry |rivista=The Wilson Bulletin|volume=87|numero=3|paginepp=416–417|url=http://elibrary.unm.edu/sora/Wilson/v087n03/p0416-p0417.pdf}}</ref>), attualmente questi animali vengono ritenuti più affini ai [[Bucerotiformes|Bucerotiformi]], mentre la classificazione fra i Coraciformi viene considerata desueta. Nella [[tassonomia degli uccelli di Sibley-Ahlquist]], l'upupa e le specie affini vengono addirittura classificate in un proprio ordine, gli [[Upupiformes]]<ref>{{Cita pubblicazione|cognome=Mayr|nome=Gerald |anno=2000|titolo=Tiny Hoopoe-Like Birds from the Middle Eocene of Messel (Germany) |rivista=Auk|volume=117|numero=4|paginepp=964–970|doi=10.1642/0004-8038(2000)117[0964:THLBFT]2.0.CO;2}}</ref>.
In precedenza, al [[Genere (tassonomia)|genere]] era ascritta una sola [[specie]], ''Upupa epops'' e diverse [[sottospecie]]. Alcune di queste sono state successivamente elevate al rango di specie a sé stanti, e pertanto le specie riconosciute sono attualmente 3<ref name=IOC/>:
