Differenze tra le versioni di "Denaturazione del DNA"

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Il [[K-nearest neighbors|Metodo Nearest-neighbor]] ("vicino più prossimo") è decisamente il più accurato per predire la temperatura di melting dei dsDNA. Sebbene il contenuto di CG giochi un ruolo preponderante nell'energia di ibridazione dei dsDNA, l'interazione tra le basi viciniori lungo l'elica forniscono una notevole energia di embricazione. Il modello Nearest-neighbor, per tener conto di ciò, considera le basi adiacenti lungo l'elica due a due.<ref name="santalucia">{{Cita pubblicazione| titolo=A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics| autore= John SantaLucia Jr.| rivista=Proc. Natl. Acad. Sci. USA| anno=1998| volume=95| numero=4| pp=1460-5}}[http://www.pnas.org/cgi/content/full/95/4/1460]</ref> Ciascuna di queste ha dei parametri entalpici ed entropici, la somma dei quali determina la T<sub>m</sub> secondo la seguente equazione:
 
:<math>T_\mboxmathrm{m} = \frac{\Delta H }{\Delta S+R \ln\left(C_1 - \frac{C_2}{2}\right)} - 273.15 \ ^\circ \mboxmathrm{C}</math>
:dove
:<math>\Delta H</math> è l'[[entalpia]] standard e <math>\Delta S</math> è l'[[entropia]] standard per la formazione di duplex da due singoli filamenti,
:<math>C_2</math> è la concentrazione iniziale del filamento singolo in difetto (di norma il DNA target),
 
:<math>R</math> è la [[costante universale dei gas]] <math>\left (\mbox{1.987} \fracmathrm{\mboxfrac{cal}}{\mbox{mol} \cdot \mbox{K}} \right)</math>.
 
Entalpia ed entropia standard sono negative per la reazione di [[annealing]] e sono assunte come temperature indipendenti. Se <math>C_1 >>\gg C_2</math> allora <math>C_2</math> può essere trascurato.
 
Tavola 1. Parametri unificati di Nearest-neighbor per duplex DNA/DNA.<ref name="santalucia" /> Si noti che i valori di <math>\Delta H</math> sono dati in ''kilo''calorie per mole, mentre i valori di <math>\Delta S</math> sono dati in calorie per mole per kelvin.
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