Nato a [[Havertown]], sobborgo di [[Filadelfia (Stati Uniti d'America)|Philadelphia]], [[Pennsylvania]], Donaghy ha frequentato la O'Hara High School di [[Springfield (contea di Delaware, Pennsylvania)|Springfield]] insieme ad altri tre futuri arbitri: [[Joey Crawford]], Mike Callahan, e Ed Malloy. Nel 1989, Donaghy si laurea in Marketing alla [[Villanova University]]. Durante il periodo trascorso alla Villanova ha giocato nella squadra di [[baseball]] della scuola. Secondo la National Basketball Referee's Association (l'associazione degli arbitri NBA), Donaghy ha guadagnato i gradi di All-Catholic e All-Delaware County per il baseball e di All-Delaware County per il basket durante l'[[high school]]. Questa notizia viene smentita dall'allenatore di baseball della Villanova, [[George Bennett (baseball)|George Bennett]], che sostiene che Donaghy non ha mai fatto parte della squadra dell'Università e che nessun registro lo indica come membro della squadra di baseball All-Catholic o della squadra di basket All-Delaware County. Donaghy sposa Kimberly nel 1995, durante il matrimonio avranno quattro figlie, si separeranno 12 anni dopo.
