Il martin pescatore predilige eleggere a propria dimora fiumi e ruscelli a corso lento, ma si adatta molto bene anche a vivere sulle rive di laghi, [[mangrovia|mangrovieti]], canneti, [[estuario|estuari]], insenature e perfino porticcioli(frequentati soprattutto d'inverno, quando i corsi d'acqua dove questo animale vive abitualmente possono spopolarsi o addirittura ghiacciare<ref>Bannerman, D. 1955. The Birds Of The British Isles. Edinburgh: Tweedale Court London: 39a Welbeck Street: Oliver and Boyd LTD.</ref>), paludi e bacini artificiali.
Le condizioni essenziali dei corpi d'acqua abitati da questi uccelli sono la presenza di acque limpide (fondamentali per individuare le prede, dato che il martin pescatore si nutre di animali acquatici che caccia utilizzando principalmente la vista) e di abbondante vegetazione costiera, possibilmente con rami sporgenti sulla ruperficiesuperficie dell'acqua da eleggere a punti d'osservazione: queste esigenze rendono il martin pescatore un ottimo indicatore di qualità dell'''[[habitat]]''<ref>{{Cita pubblicazione| cognome= Peris | nome= S. J. | coautori= Rodriguez, R. | anno=1996 | titolo= Some factors related to distribution by breeding Kingfisher (''Alcedo atthis'' L.) | rivista= Ekologia Polska | volume=54 | numero= 1–2 | pp=31–38 }}</ref>. Questo uccello tollera l'urbanizzazione, purché essa non vada ad intaccare la limpidezza delle acque: la costruzione di [[argine|argini]] artificiali in cemento ha tuttavia un effetto negativo sulla presenza di questi animali, che necessitano di argini terrosi per scavare il proprio nido e sono perciò costretti a migrare durante il periodo riproduttivo in zone dove essi non sono presenti<ref>{{Cita pubblicazione| cognome= Lin | nome= Wen-Loung | coautori= Tsai, Hsien-Hsiu; Wu Hsuan-Ju | anno= 2007 | titolo= Effect of ditch living thing by process of original structure replacement by RC irrigation ditch | rivista= Journal of Chinese Soil and Water Conservation | volume= 38 | numero= 1| pp= 31–42 | url = http://min-shiang.com/2007_RC.pdf |formato= PDF }} {{zh icon}}</ref>.
