Stabilitosi definitivamente a Saint-Germain, Giacomo si comportò come un signore aristocratico, mantenendo una corte e ricevendo un [[appannaggio]]vitalizio annuale di 50.000 lire da parte di Luigi XIV. L'ultima gioia del re fu la nascita di un'altra figlia, [[Luisa Maria Teresa Stuart|Luisa Maria Teresa]] nel [[1692]]. Il re francese organizzò un tentativo di riportarlo sul trono, che contemplava l'assassinio di Guglielmo III, nel [[1696]], ma il complotto fallì. Nello stesso anno, l'offerta di Luigi di fare eleggere Giacomo come [[re di Polonia]] venne respinta, poiché Giacomo temeva che l'accettazione della corona polacca potesse precludergli ogni possibilità di ritorno sul trono d'Inghilterra.<ref>Miller, p. 239.</ref> In seguito Luigi cessò di offrire assistenza a Giacomo; la sua decisione venne formalizzata dal [[Trattato di Ryswick]] nel [[1697]]. Durante i suoi ultimi anni, Giacomo visse come un austero penitente; l'amicizia dell'[[Armand Jean Le Bouthillier de Rancé|abate di Rancé]] lo condusse sui sentieri della virtù, producendo in lui un cambiamento profondo: l'orrore delle colpe passate lo spinse ad atti di estremo rigore verso se stesso, quali l'imporsi di digiuni continui.<ref>Miller, pp. 234–236.</ref>
Giacomo II si spense per una [[emorragia cerebrale]] nel [[1701]] a Saint-Germain-en-Laye, dove venne sepolto.
